丽江市妇幼保健院拥有一系列全面的业务科室，以满足妇女和儿童的健康需求。其中包括妇女保健科，专注于围产保健、婚姻保健、优生咨询，以及针对不同生命周期阶段的保健服务，如青春期、更年期保健、妇女心理卫生和营养指导，同时提供乳腺保健和产后康复。此外，还有计划生育服务，确保生殖健康。
儿童保健科则专注于儿童的整体健康，提供集体儿童保健、生长发育监测、心理支持、营养指导，以及对儿童眼睛、听力和口腔健康的专门关注。新生儿疾病筛查和儿童疾病诊治也是其重要职责，婴儿游泳活动也是其特色服务之一。
妇产科则聚焦在妇女生殖健康，包括常规生理产科服务，高风险孕妇的特殊护理，以及子宫切除术、卵巢囊肿切除术等妇科疾病治疗。综合来看，丽江市妇幼保健院的科室设置覆盖了妇幼健康的所有重要领域，确保了全方位的医疗服务。
丽江市妇幼保健院承担着丽江市预防艾滋病、梅毒、乙肝母婴传播，“降消”项目，农村孕产妇住院分娩补助以及重大公共卫生妇幼专项的指导工作。是一所集保健、医疗、教学、科研、培训、健康教育、社区卫生为一体的综合性妇幼保健机构，属国家级“爱婴医院”、省级“二级乙等妇幼保健院”、“文明妇幼保健院”、国家园林单位，为全市妇幼卫生业务指导中心。截至2012年2月，丽江市妇幼保健院下辖一区四县5家妇幼保健机构、62个防保组、426个村卫生室。区县保健院有专技人员206人，乡级妇幼专干74人，女村医498人，接生员369人。