温度是决定种蛋在孵化过程中胚胎能否正常发育的首要条件。只有在温度适宜于
胚胎发育的条件下，种蛋才能正常孵化。温度过低，胚胎的新陈代谢不能在正常水平上进行，导致胚胎
发育迟缓或停止发育，最后引起胚胎死亡。温度过高，鸭胚胎新陈代谢加快，细胞分化加剧，发育期缩短，可能造成胚胎大量死亡。在42℃高温条件下，鸭胚胎在2～3小时内全部死亡。可见，孵化温度是决定孵化能否成功的最关键因素。
在种蛋实际孵化过程中，由于胚胎不同发育阶段的代谢强度存在较大差异，代谢所产生的热量显著不同。因此，建议在孵化过程中对孵化温度进行严格控制，最好采用变温孵化。在孵化初期（1～5天），孵化温度为38.4～38.8℃；孵化中期（第6天至出雏前5天）的孵化温度为37.8～38.2℃；孵化后期（出雏前4天至出雏）的孵化温度为37.0～37.5℃。
在一些种蛋孵化场，由于生产规模小，种蛋量少，不可能在孵化机内一次性装满种蛋，进行整机孵化。此时，孵化机内通常装有3～4批种蛋在同时孵化。在孵化机内装有多批种蛋的情况下，常常采用恒温孵化技术。采用恒温孵化时，在孵化的第1～24天内，种蛋的适宜孵化温度是37.8℃。在孵化后期（25～28天），胚胎发育开始成熟，此时不需要继续翻蛋，种蛋需要由孵化机转入到出雏机中，此过程称为落盘，标志着孵化进入了出雏期。在出雏期，孵化温度应维持在37.0～37.5℃之间。