用于防治植物病害的化学农药统称为杀菌剂。根据所影响的病原物种类的不同，杀菌剂包括杀真菌剂（fungicides）、杀细菌剂（bactericides）、杀病毒剂（viricides）、杀线虫剂（nematocides）、杀原生动物剂（protozoacides）、杀藻剂（algicides）和用于防治高等寄生性种子植物的除草剂等。杀虫剂也被用于防治植物病害的昆虫传媒。目前，还没有商品化的杀病毒剂，而杀线虫剂的性质、使用和作用机理明显不同于其他的杀菌剂，所以，本章主要介绍农用的杀真菌剂，对杀细菌剂和杀藻剂等也作简要的介绍。
“fungicide（s）”一词中“fungi－”等于“fungus（fungi）”，“－cide”等于“killing”。因此，杀真菌剂就是杀死真菌的化学药剂。这种杀死真菌的作用方式称为杀菌作用（fungitoxicity）。其表现是真菌孢子不能萌发或者在萌发中死亡。其机理是真菌的能量供应不足而致死。早年使用的杀菌剂大多数都是杀真菌剂，它们对病菌能量生成的许多关键酶起作用，是多作用位点的杀菌剂。有些化学药剂不杀死病原菌，它们仅仅是暂时抑制真菌的生长。当这些真菌不再接触到药剂时，它们又能够恢复生长。这种暂时抑制真菌生长的作用方式称为抑菌作用（fungistasis）。起抑菌作用的化合物称为抑真菌剂（fungistatsorfungistaticagents）。抑菌作用主要是真菌的芽管或者菌丝的生长受到抑制，或者使芽管和菌丝的形态产生变化。如芽管粗糙，芽管末端膨大、扭曲和畸形，菌丝过度分枝等。其机理是真菌生长必需物质的生物合成受到抑制。抑菌作用是内吸剂（systemicfungicides，orsystemics）研究开发的理论基础。很多新的杀菌剂是具有内吸活性的抑菌剂，如苯并咪唑类杀菌剂和甾醇抑制剂等。这些抑菌剂在植物和真菌之间具有选择毒性，作用位点单一，也称现代选择性杀菌剂。有些化合物能够抑制真菌的产孢，这些化合物称为抗产孢剂（antisporulants）。总之，不论是杀菌剂、抑菌剂或者抗产孢剂，这些化合物都是针对病原真菌必需生命活动（生长和繁殖）起作用的。
植物病害是由病原物引起的，但是，病原物并不是病害的全部。病害的发生发展除了受到病原致病这一因素的影响外，还受到寄主的抗病性和环境条件是否适合等因素（病害三角）的影响。因此，要牢记植物病害化学防治的目标是防治植物病害而不仅仅是杀死或者抑制病原物。基于这一理念，随着对病原物致病机理和植物抗病机理的深入了解，在离体下（invitro）无杀菌毒性，但是在活体上（invivo）（施用到植物上）却能够防治病害的化合物已经开发成功，这些化合物被称为无杀菌毒性化合物（non-fungitoxiccompounds）。其机理包括两方面：①干扰病原菌的致病机理，削弱病原菌的致病力或使病原菌不能侵入；②提高寄主植物的抗病能力。三环唑（tricyclazole）是典型的干扰病原菌致病机理来达到防治病害目的的化合物。其机理是抑制水稻稻瘟病菌附着孢黑色素（melanin）生物合成（黑色素生物合成抑制剂）。黑色素并不是稻瘟病菌生长和繁殖的必需物质，它是稻瘟病菌附着孢细胞壁的组分，缺乏黑色素的附着孢不能保持细胞的膨压（turgorpressure），导致其侵入丁（penetrationpeg）失去了穿透侵入寄主细胞的能力。因此，三环唑又称为抗穿透剂（antipenetrant）。目前，生产上已经有多种商品化黑色素合成抑制剂。如咯喹酮（pyroquilon）、四氯苯酞（phthalide）和环丙酰菌胺（carpropamid）等。烯丙苯噻唑（probenazole），在离体下对稻瘟病菌几乎没有毒性，但是在植物体内能够启动植物的防卫机制，从而达到防病的目的。其机理：一是诱导寄主细胞形成木质素化壁等物理屏障，阻止病原菌进一步向邻近细胞蔓延；二是诱导寄主植物产生和积累α－亚麻酸等化学物质，抑制病菌的定殖和蔓延。由于其机理是提高了寄主的抗病性，因此，烯丙苯噻唑也可以防治水稻白叶枯病等细菌病害。近年，诱导寄主系统性获得抗病性（systemicacquiredresistance，SAR）的化合物是植物病害化学防治研究开发的热点领域之一。活化酯（acibenzolar-s-methyl）等化合物已经商品化。这些化合物又称植物激活剂（plantactivators）或植物防卫激活剂（plantdefenseactivators）。植物防卫激活剂的防病谱较广，能够防治真菌、细菌和病毒等多种不同类型的病害。总之，这些无杀菌毒性，但又能够防治植物病害的化合物也被称为病害防治化合物（diseasecontrolcompounds）。这种在离体下无杀菌毒性，在活体内通过削弱病原菌的致病能力或者提高寄主抗病能力来达到防治病害的作用机理也被称为间接作用机理（indirectmodeofaction）。
综上所述，随着人们对植物真菌病害化学防治研究的深入，使用于植物真菌病害化学防治的化合物已经从最初的杀真菌剂，发展到抑菌剂，乃至无杀菌毒性的病害防治剂。但是，无论是在中文或者是英文中，人们都已经习惯了使用杀真菌剂“fungicide（s）”这个词汇，在不作严格区分的情况下，常使用杀真菌剂（简称杀菌剂）来简单地代替用于防治植物真菌病害的化学农药。