夫妻双方都使用公积金进行贷款的，还贷款的时候是以一方作为主扣款对象，当主扣款一方的公积金账户不能偿还本月的贷款时，另一方的公积金账户就要偿还当月的债务。
一、使用公积金偿还贷款的方式
目前我国公民在使用公积金偿还贷款的方式主要有两种，一种是
等额本息还款，意思就是说公民在使用
公积金贷款之后每个月需要偿还相等金额的贷款利息，这种偿还贷款的方式每个月需要偿还的本息是相同的，对于大部分公民是能够最为接受的一种偿还贷款的方式；另一种方式是等额本金还款，即公民在使用公积金贷款之后每个月需要偿还相等金额的本金，随着月份的增长贷款利息和还款金额会慢慢减少，这种方式对于工资较高，经济收入不错的公民来说是一种较好的还款方式。
二、夫妻双方公积金还款怎么从账户中扣款
一般情况下夫妻双方都使用公积金偿还贷款时需要确定哪一方为主还贷款对象，在主还款对象的公积金账户中的余额足以偿还当月债务的就不需要另一方还款对象偿还债务了，但是当主还款对象的公积金账户的余额不足以偿还当月债务时，就需要从另一方还款对象进行偿还当月债务。使用公积金还款时可以与银行签署委托提取公积金的协议避免都要自己去提取，但是要必须保证还款卡上要有足够的余额来偿还贷款。
三、使用公积金偿还贷款时的注意事项
偿还贷款时需要注意时间限制必须要在规定的时间内进行相应的操作以免造成还款逾期；初次办理偿还贷款时需要携带身份证、
公积金卡或者是身份证到公积金管理中心办理相应的业务；公积金偿还贷款时会扣除下月的贷款本息；大部分公民都与银行签署了委托提取公积金的协议，还款卡中的余额一般都只能偿还本月的债务，因此要进行实时查询余额避免造成余额不足的情况。