合作社年销售农产品收入500万元，需要登记为一般纳税人。按照增值税暂行条例实施细则规定，合作社年销售农产品销售额达到80万元，就应该登记为一般纳税人。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十八条 条例第十一条所称小规模纳税人的标准为:
(一)从事货物生产或者提供应税劳务的纳税人，以及以从事货物生产或者提供应税劳务为主，并兼营货物批发或者零售的纳税人，年应征增值税销售额(以下简称应税销售额)在50万元以下(含本数,下同)的；
(二)除本条第一款第(一)项规定以外的纳税人，年应税销售额在80万元以下的。