明天启七年，即公元纪年的一六二七年，八月二十四日，也就是大明天启皇帝驾崩的第三天，大明历史上最以“勤勉”著称的崇祯帝，上位了。
这时候的朝政是被魏阉魏忠贤把持着的。魏忠贤以司礼监秉笔太监提督东厂；他的亲信田尔耕为锦衣卫提督；崔呈秀为兵部尚书。朝廷内外自内阁、六部乃至四方的总督、巡抚，都遍布着魏忠贤的死党。就连当年大力提拔毛文龙，在天启后期已经失势的王化贞、王在晋都与魏阉有着千丝万缕的关系。
天启七年十月十三日，崇祯帝逐去魏阉门下“五虎”之一的崔呈秀，掀开了“倒魏”的大幕。直到当年的十一月初六日，在阜城县（今河北阜城）南关一个旅社里，亲兵三进的魏忠贤，听着隔壁房间里传来的一曲《桂枝儿》，“自挂东南枝”，死了。
当然，近年来也很有些“君子”要为魏忠贤洗白，说他不过是给皇帝搜刮银子用的，有什么过错呢？《明史》上就记载的很明确了，说魏党当权时“民间偶语， 或触忠贤，辄被擒俘，甚至剥皮、刲舌，所杀不可胜数，道路以目”。也就怪不得时人对他“恨之切”了。
魏忠贤死后，在崇祯帝俞允下，满朝掀起了揭发和搜捕魏忠贤党羽的热潮，一直持续到崇祯二年，“三月辛未，廷臣上钦定逆案诏，刊布中外，共二百五十八人，以七等定罪”（据《崇祯实录》），魏忠贤案才终于宣告结束。
笔者通过上文如此多的笔墨去写魏忠贤之死，实在是想告诉屏幕前的诸君：在当时，不止是魏忠贤本人，就是魏忠贤的党羽，也都早已是“天怒人怨”了。其中死了的倒也干净，唯独活着的，却正应了前些日子甚是火爆的《哪吒之魔童降世》中，申公豹那一番发人深省的台词，“人心中的成见是一座大山，任你怎么努力都休想搬动”。毛文龙的遭遇便是最好的写照。
毛文龙是否也在魏忠贤当政期间“党同伐异”暂且不谈，只是时人从来都不曾忘记，曾大力提拔毛文龙的故辽东巡抚王化贞、故兵部尚书王在晋，以及他毛文龙本人都与魏忠贤有着千丝万缕的暧昧关系。只是惮于毛文龙手握东江镇的军力，镇守在边陲，朝臣会多有顾虑，朝廷亦不敢轻易制裁。
崇祯二年，魏忠贤案终于宣告结束。毛文龙虽然挺过了魏案的牵连，没有因此丢了性命，却也在这段时间里失去了朝廷对他的重用。崇祯帝不赏识他，此时掌握着军政的官僚们，对他也颇有偏见，谁让你当初倚重过魏党呢？
如果说“魏党”是时人给毛文龙扣的一顶成见的帽子；可毛文龙的东江镇兵额、粮饷不受节制的问题，却是早在天启年间的朝堂上，就已经被议论纷纷，争论不休了。只是一直没有得到朝廷的妥善处理而已。
崇祯元年，少年天子曾两次派人前往东江镇查核兵额、粮饷，并发现其中确实存在问题。于是便将毛文龙原报的兵额大为削减，粮饷按照查核出来的兵额重新拨给，又将往年多领的粮饷扣算做今日粮饷。客观地讲，崇祯帝的此番做法并无不妥之处。
而毛文龙却不曾意识到，当他将手伸到“穷得叮当响”，又“抠门儿”的不行的崇祯帝的口袋去揩油的时候，皇帝和满朝文武，能容得下他么？何况此时正是外有强敌，内有民乱，时局艰难，崇祯帝都恨不得将一分钱砸八瓣儿花呢。
事实上毛文龙非但没有任何收敛，反而屡屡向崇祯帝“辩解”，尽述东江镇极度缺饷的窘境，哀求崇祯帝多给粮饷。比如，他就曾上奏本称，“旋谕饥军以朝廷之法度，千方抚慰，始稍帖服。臣不得已而驾数艘坐于庙岛，专候皇上敕下，请春夏二季粮饷，以安几变之人心，以图进剿。”其中，笔者读到的可不尽是“哀求”，更多则是赤裸裸的“威胁”与“恐吓”。
这又怎么能够令生性多疑的崇祯帝放心呢？非但如此，毛文龙还以粮饷不足为借口，开脱自己“数年无功、枉费粮饷”的罪责。如他在奏本中所言，“年复一年，大功未就……只因粮饷不敷，士皆菜色，马匹甲胄器械全无，驱空拳枵腹之众而当强虏，势所不得也。”
崇祯元年，崇祯帝再次起用袁崇焕督师蓟辽。关于袁崇焕的能力战功，咱们也可以暂且不谈，因为这里面难免就有些，皇帝有意在用袁崇焕去制衡，压制毛文龙的想法的。
袁崇焕上任伊始，便通过增饷整军、撤换军将等手段，“完成了对所辖辽东、登莱（山东的登州府、莱州府）、蓟州等地区军政权利的统一，也完成了对所辖蓟辽地区的军队整顿和军事部署”（据周喜峰，《论袁崇焕的两次督师辽东》）。唯独到了毛文龙这里，他的整体性部署就推不下了。
起初袁崇焕是寄希望于制服毛文龙，为己所用的。于是向崇祯帝建议，严令禁止海船在登莱起航、停泊。渤海的海陆航线调整为从觉华岛上岸，至山海关或天津，再从旅顺转航至东江镇。并且，朝鲜向明廷进贡的路线也要照此方案执行。按照新调整后的方案，毛文龙的粮饷就得经由袁崇焕来调拨，自己自然也要受到袁崇焕的节制。
倘若毛文龙能够自己意识到，他在朝堂上早就不招人待见了。出于让皇帝释疑，朝臣们放心，这对于毛文龙来讲，倒不失是一件好事。只是毛文龙却无法接受，不止向崇祯帝上奏本反对，甚至直接指责袁崇焕等官僚对自己的故意打压，崇祯帝对袁崇焕的偏袒。
如其奏本上所说，“以臣枵腹之卒二万八千而欲取胜数十万之众，使天下人闻之，畴不笑臣之不能料敌如此，国家之误用微臣如此哉……究其根，实文臣之误臣，而臣之误国也……不知计部之欲杀臣，不知计部之欲陷十万之生灵也……诸臣独计条臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室，此臣之益未解也。臣屡疏直戆，非不知得罪朝臣以速臣命，但臣之心只以封疆为重，君恩为重，不得不吁天频诉也。”
如此以来，崇祯帝、袁崇焕，怕是都容不得他了。