龙眼荔枝病虫害种类较多但有龙眼鬼帚荔枝霜疫荔枝炭疽病荔枝蝽、龙眼膜翅目、荔枝锥蛾、龙须拟青霉、荔枝螟虫等5虫3病，多集中在新梢期、开花期和幼果期。因此防治策略应以5虫1病为重点，采取有效的保苗、促花、保果措施。冬季清园，除了修剪病虫枝、枯枝、弱枝外，还应注意控制冬梢的抽出和冬季喷石硫合剂。不仅有利于冬季消灭病虫害，还有利于来年开花结果。做好防虫防病保苗工作。根据木虱、膜翅目、荔枝蒂蛾、鳞翅目等害虫的危害特点，在新芽幼叶刚展开时和返青前，每次喷40%乙酰甲胺磷700-800倍或90%敌百虫800倍，及时剪去有鬼帚病的芽。
在春梢期或蕾期重点防治荔枝蝽等害虫。果实期主要防治措施为荔枝蝽、荔枝螟虫，其他害虫也有处理。使用90%敌百虫800倍液或10%溴虫腈2000倍液。或90%敌百虫800倍液加25%杀虫双500倍液。荔枝蕾期和幼果期喷施64%消毒明矾M8500~600倍液防治荔枝疫病。在果实发育过程中，应注意防虫，减少落果和虫粪。果实发育过程中，常被荔枝螟虫为害，造成落果或粪污。根据预测，荔枝螟虫在成虫羽化率达到30%~40%时，应抓住时机开始喷药，每隔5~7天再喷一次，以便在产卵前消灭害虫。
使其免受某些种类害虫的侵害或控制在经济允许的危害水平之下；例如晚熟品种种植的龙眼园荔枝螟虫的发生明显少于早、中、晚品种种植的龙眼园。坚持科学常规管理，及时合理施肥、中耕除草、松土控水，能促使树体健壮、枝梢整齐、新梢尽快成熟，对减轻荔枝瘿螨、木虱、叶瘿蚊等新梢害虫的危害效果明显。采果后和冬季注意修剪，剪去阴枝、过密枝、交叉枝、病虫枝，使树冠通风通透，有利于来年开花结果，可大幅度减少荔枝瘿螨、卷叶虫、瘿蚊、天牛、甲虫、介壳虫、霜疫病、炭疽病等病虫源。
生物防治最突出的优点是对人动物天敌和植物安全，不污染环境，不易形成对病虫害的抗性，不会造成病虫害的重新猖獗，对某些病虫害的发生有长期的抑制作用。可以说生物防治是病虫害综合防治的核心。培育和释放扁叶蜂防治荔枝蝽是生物防治的成功范例。龙眼起源于中国，经历了长期的自然选择。同时，也创造了丰富的龙眼病虫害天敌资源。荔枝蒂蛀虫的卵和幼虫在梢期有几种寄生蜂，寄生率在60%以上，因此在开花前和结果后的很长一段时间内都可以充分发挥寄生蜂的作用，无需喷药；膜翅目龙眼和膜翅目大血蛾幼虫有5种寄生蜂，其中部分种类的寄生率为11.2%~15.6%。
主要依靠农业措施进行预防，在繁殖时注意选在无病的树上采接穗或进行高压育苗。选无病的种子培育实生苗，并注意选择无病的实生苗做砧木，及时把有病的苗木拔除烧毁。
2、注意防治虫害
通过防治虫害，可减少病害蔓延。成年树结合疏花穗、修剪，把病穗、病枝剪除、烧毁，能减轻为害，控制病害蔓延。可参照其他果树病毒病的防治方法，对种子和接穗进行高温或四环素等处理消毒，培有无病苗木。
按照“有机肥为主，化肥为辅”的原则，优化配方施肥，平衡养分供应，重点施好花前肥、壮果肥和采果肥，促进果树生长，提高其抗病虫害的能力。完善果园的灌溉和排水设施，果实发育期要特别注意水分的供应平衡，并及时排除积水。
修剪清园
采果后，结合秋冬季修剪做好清园工作，剪除弱枝和病虫枝，改善树冠的通透性，清除地面落叶和病虫果集中烧毁或深埋。同时，全园果树喷洒石硫合剂或地面撒生石灰，消灭或减少越冬病虫源。