1、调用Rsamtools包内的函数quickBamFlagSummary()查看BAM文件中的序列是单端或双端比对。在利用readGAlignments()读取基因组比对前，需要用函数ScanBamParam()构建一些参数。
2、使用R软件Vegan包计算16s高通量测序数据的α生物多样性指数这里介绍一下用R软件中vegan包计算生物多样性指数的方法：R软件安装请自行搜索。第一步：制作数据矩阵。第二步，读取数据到R中。
3、R代码是指使用R语言时书写的代码。R是一套完整的数据处理、计算和制图软件系统。
4、高质量：由于Sanger测序技术可以生成相对较长的读段，因此可以获得高质量的测序结果，质量得以保障。高精度：Sanger测序技术的误差极小，同时也具有低重复率的优点，因此可以为生物学研究提供极为精确的数据支持。
5、衔接上一篇数据比对后的结果，使用R包DSS进行处理。我们先来复习一下上一节课得到的数据结果：*.bismark.cov.gz文件这里我们使用的R包为DSS，使用Bioconductor进行安装。