分为战略、策略、运作三个层次
战略层次的规划侧重于宏观控制 解决的是影响企业长远发展的战略决策等问题。物流系统战略层次的规划在各种规划层级中是最高的，时间也是最长的。 战略规划的内容都是在战略层次上的引导，所考虑的是企业的目标、总体服务需求以及管理者通过何种方式来实现这些目标。
策略层次的规划则是在战略规划框架下更为细致的指导性规划 通常是一个中期的计划 它在内容上比战略计划更为具体，可以包括：配送策略规划、供给策略规划、国际物流策略、减少物流时间的策略规划、提高资本生产率的物流策略规划等等。
运作层次规划是在操作层次上的计划是企业物流规划与设计的最后一层。详细的操作计划是用来指导每时每刻的物流活动的。它所包括的内容比较繁杂，所涉及的领域也极为广泛，比如：建立合理的流程计划、车辆调度方案的确定、简化环节和合理的资源整合、以及IT系统的构建等等。
按照物流范围的不同,物流系统可以构成一个完整的层次秩序,即国家一级物流系统→省市一级物流系统→企业物流系统。高一级的物流系统包含低一级的物流系统，在进行物流规划时应该表现出这种层次性。其主要表现在：
第一，国家一级的物流规划,应是着重以物流基础设施和物流基础网络为内容的物流基础平台规划,应当和国家基础设施建设的国策相吻合。这个物流基础平台的规划，应当从现代物流综合的角度进行全面的规划,组建综合的网络，其中包括不同运输方式线路的合理布局和使网络发挥更大效用的综合物流结点－－物流基地，以及相应的综合信息网络。
第二，省、市一级的物流规划，应当着重于地区物流基地、物流中心、配送中心三个层次的物流结点以及综合的物流园区规模和布局的规划。物流基地、物流中心、配送中心三个层次的物流结点是省、市物流外结内连的不同规模、不同功能的物流设施，也是较大规模的投资项目。这三个层次物流结点的规划是省、市物流运行合理化的重要基础。
物流系统的网络由点和线这两个基本要素组成。在物流点上主要包括单一功能点、复合功能点和枢纽点,这三点在功能上不断完善,在物流网络结构中的辐射范围也不断扩大,规划、设计和管理的难度也逐渐加大。连接物流网络中的结点的路线就构成了线，铁路、公路、水路和航空都属于物流网络的线;物流基地、物流中心和物流园区都属于物流的点。
目前,有许多城市制定了物流发展规划，都对自己的物流中心、物流基地和物流园区进行了规划。但是，亿博物流咨询指出，如果从物流运作的功能整体和跨边界的特点来看,以城市的行政区划为基础来制定物流结点的规划具有局限性,可能会出现物流结点分布过密或者物流结点的作用不大的情况。从而影响整体的物流效果。因此建议应以市场辐射区域或经济地理区域为基础对物流结点进行发展战略规划,充分考虑区域经济的辐射范围和能力。如珠江三角洲地区市场、长江三角洲地区市场、东北地区和西南地区市场等。
第三，企业的物流规划，现代物流系统规划的发展离不开供应链这个大环境。物流就像是供应链体内的大动脉，研究物流系统规划还需要研究供应链，进而分析物流与供应链的关系，尤其是它们之间的区别。从而规划一个有效的、整合的物流系统。
