1958年下半年，自治区卫生厅为贯彻国务院和自治区党委、人委发展中药材生产的指示精神，挖掘祖国医药宝库，发展医药卫生事业，大力开展中药材生产和科学研究，开始筹建广西药物试验场。
1959年2月14日，经上级批准，广西药物试验场成立。3月10日晚，召开广西药物试验场成立大会，卫生厅谢新亭副厅长到会并宣布广西药物试验场正式成立。1959年12月，经自治区人委批准，成立广西药物研究所。广西药物研究所与广西药物试验场合署办公，一套领导班子。
1962年，为贯彻中央“调整 巩固 充实 提高”八字方针，当时广西区人委批示，撤销广西药物研究所，保留技术人员35名，合并于药物试验场，继续开展研究工作。
1963年，为贯彻中央“全党全民动手，大办农业，大办粮食”的号召，和区党委关于压缩城镇人口的指示，进一步精减职工，节约国家财政开支，支援农业战线，根据几年来药材生产的经验，认为继续以全场工人和土地生产药材，是不适宜的，必须转为以生产粮食为主。
1963年5月14日，广西区人委（63）会卫字第6号批转区卫生厅《关于缩小药物试验场规模并改称药物研究所问题的报告》，同意缩小药物试验场规模，改称药物研究所，以进行药物研究为主要任务，并根据劳动力情况，种植部分药材。人员编制定为150人（时有职工435人，保留150人，精简285人）。原属邕宁县三塘乡解放大队划入的290名工人，除保留已调到药材生产队的30人继续留下种药外，其余人员划出，以种粮食为主，改全民所有制为集体所有制。
1963年10月10日，南宁市人委（63）南会字第310号《关于同意将区药物研究所领导的集体农民拨归三塘公社领导的复函》，同意将原属药物研究所领导的降桥、大乌、六安、二塘、那荷、那道等六个生产小队共劳动力170人、家属247人，全部移交给郊区三塘公社领导（后根据有利生产和农民要求，南宁市人委又同意改为由长堽公社领导）。10月19日，广西区人委办公厅（63）厅秘字第456号文批示，鉴于南宁市人委已表示同意接收区药物研究所拨出的集体农民，要求卫生厅直接同南宁市联系办理交接手续。 12月9日，长堽公社与药物研究所召开了代表会议，正式移交给长堽公社领导（公社方面为了便于领导，在降桥成立降桥大队领导以上六个生产队）。
1970年12月，广西区革委会批准，广西药物研究所、广西药品检验所、广西中医药研究所及广西烈士陵园合并，成立广西医药研究所。研究所下设门诊部、药厂、南药站、药用植物园。红文、立新两个生产队（之前白坟、那齐两个队合并改名为红文队，那甫改名为立新队）由药用植物园管理。在广西医药研究所领导下，药用植物园设党支部办公室、业务办公室，主要任务是药用植物引种、栽培、广西药材高产栽培研究和生产部分粮食。
1973年1月16日，区党委乔晓光书记批示照《将两个生产队归医药所统一管理》试行。两个生产队归医药研究所管理后，集体性质不变，队的组织形式不变，两队的土地、口粮、工资由医药研究所统一安排，两队的农民成为不算国家职工的医药研究所工人。这样对搞好药用植物园发展规划提供了条件。
1981年8月，卫生厅党组决定，对广西医药研究所的机构进行调整，医药研究所与药检所分开，医药研究所所属茅桥三个单位（中草药学校、制药厂、药用植物园）与所部分开，同年9月11日，自治区编委桂编（81）95号文批复，将广西壮族自治区医药研究所更名为广西壮族自治区中医药研究所，同文还批复中草药学校与广西中医药研究所脱勾，由自治区卫生厅直接领导；并将广西医药研究所附属药用植物园、制药厂、小学校拨给中草药学校领导（1983年8月5日区编委桂编〔1983〕23号文批准同意中草药学校改为广西药科学校）。
1981年12月，为方便业务上的对外联系，经卫生厅同意，广西医药研究所药用植物园易名为广西壮族自治区药用植物园,由广西中草药学校代管。1984年7月11日，卫生厅党组同意药用植物园由卫生厅直管。但由于从未定编，使用的印章沿用着 “广西壮族自治区医药研究所药用植物园”的印章。
1985年1月4日，自治区卫生厅向自治区政府上报《关于恢复广西药用植物园独立建制的请示》，请求在机构改革中，要求把广西药用植物园作为自治区卫生厅直属的二层机构，由卫生厅直接领导；经上级批准，4月1日起，正式启用“广西壮族自治区药用植物园”印章；4月22日，自治区卫生厅下文通知，决定广西药用植物园的业务由卫生厅科技处领导；5月14日，自治区编制委员会下文，同意将原区医药研究所药用植物园改称广西壮族自治区药用植物园。相当科级事业单位，编制148人(不含两个生产队人数)。1986年12月21日，广西区科委、编委联合下文《关于区直科研机构分类的通知》，广西药用植物园定为社会公益事业类科研机构。1988年3月23日，自治区编制委员会桂编〔1988〕48号，批复广西药用植物园定为相当副县（处）级事业单位，事业编制296名。
1993年7月20日，广西药用植物园 增挂“中国医学科学院药用植物资源开发研究所广西分所”牌子。北京总所肖培根所长、钱昌年书记到会并揭牌。
2004年10月26日自治区机构编制委员会桂编〔2004〕89号文批复，同意增挂“广西壮族自治区药用植物研究所”牌子。2005年8月5日自治区机构编制委员会桂编〔2005〕71号文批复，同意广西药用植物园定为相当正处级事业单位。
2011年4月，广西药用植物园酝酿向英国吉尼斯总部申报“最大药用植物园”吉尼斯世界纪录，于8月正式向英国吉尼斯总部递交申请，并提交相关申报材料。12月9日，广西药用植物园申报吉尼斯世界纪录成功，获得“世界最大的药用植物园”吉尼斯纪录证书。
