在哈佛期间，巫宝三认识了在蒙特霍留克大学攻读西方戏剧学的孙家琇女士。
孙家琇，祖籍浙江余姚，出生于天津。父亲曾任天津水产学校校长和教育厅长。父兄均为留学学生。她1935年肄业燕京大学，就读于美国米尔斯大学，1937年进入蒙特霍留克大学学习。1938年夏，她在哈佛大学剧本创作班学习时，写了抗日的独幕剧《富士山上之云》。
巫宝三硕士毕业后，到德国柏林大学进修，时值抗战，巫宝三希望能尽快回国参见抗战，于是中断哈佛博士学业。孙家琇女士也计划放弃攻读博士机会，到了柏林与巫宝三结婚，一道回国。回国后，巫宝三在昆明的中央研究院（竹安巷4号）工作，孙家琇原在西南联大工作，女儿出生。1942年转达武汉大学外文系工作。当时武大女教授仅5位（苏雪林、袁昌英、杨安妮、朱君允、冯沅君，她们全都在文学院任教），孙家琇来后，成为全校最年轻的教授。时任文学院院长的是陈源（西滢）。武大在乐山办学，长子巫鸿1945年即出生于乐山。孙家琇建国后任教于中央戏剧学院，为中国研究莎士比亚第一女性。巫鸿，1963年考入中央美术学院美术史系学习。1972—1978任职于故宫博物院书画组、金石组。1978年重返中央美术学院美术史系攻读硕士学位。1979年与在哈佛大学读研究生的老同学韩倞联系，在她的鼓励和帮助下申请了哈佛大学人类学系。1980—1987年就读于哈佛大学，获美术史与人类学双重博士学位，随即在哈佛大学美术史系任教，于1994年获终身教授职位。后受聘芝加哥大学，执“斯德本特殊贡献教授”讲席。巫鸿对自己的家庭教育，曾在李清泉、郑岩的《巫鸿教授访谈录》中叙及，“我在国内的有些学习主要是受到家庭的影响，是不够专业化的，我的父母都是知识界的，小时候大人谈话的时候，我爱在旁边听。也见到过陈梦家先生、胡厚宣先生，以前还拿了自己的稿子请夏鼐先生看。”在2009年7月的《新京报》采访中，“因为父母工作的关系，在我小时候就会见到他们和艺术圈的一些朋友有来往，我从小就对一些名字很熟悉，常听父母提起，比如费正清还有他的夫人费慰梅。但是小时候我并不希望通过父辈的关系结交这些人物，反而有些刻意回避。”
去了哈佛之后，他对父母的学缘关系逐渐重视，“其实，我父亲也是哈佛大学的博士，30年代公派出去的，学经济学，而我母亲在国外学的是英美文学和戏剧。半个世纪后我也去了哈佛，好像冥冥之中自有天意。我去美国之前，父亲特意告诉我在哈佛上学，哪里可以吃饭，哪些饭馆的饭好吃。我跟他开玩笑说：‘你以为过了50年，那些饭馆还在吗？’结果等我到了美国，发现50年后，父亲提到的一个饭馆居然还在”。“去哈佛读书，也使我有机会见到了父母的故友，我和费慰梅后来还成了忘年交。等到我写《武梁祠》的时候，和费慰梅聊了很多，她还为我写了这本书的前言。”巫鸿也在《武梁祠》的扉页写上了“献给我的父母巫宝三、孙家琇”。
