第一阶段：农村金融市场组织的多元化和竞争状态的初步形成阶段(1979年～1993 年)。这一阶段的主要改革措施和政策方案主要是恢复和成立新的金融机构，形成农村金融市场组织的多元化和竞争状态。包括（1）1979年恢复中国农业银行，并改变了传统的运作目标，明确提出大力支持农村商品经济，提高资金使用效益；（2）随着人民公社体制的瓦解，农村信用合作社也重新恢复了名义上的合作金融组织地位。但农村信用合作社接受中国农业银行的管理，事实上成为农业银行的基层附属机构；（3）放开了对民间信用的管制，允许民间自由借贷，允许成立民间合作金融组织，例如 80年代中期开始在全国各地成立的农村信用合作基金会。同时允许成立的还有一些乡村企业的财务公司，企业集资异常活跃；（4）允许多种融资方式并存，包括了存款、贷款、债券、股票、基金、票据贴现、信托、租赁等多种信用手段。因此，尽管处于起步阶段，但由于管制较松、约束较少，各类金融机构都得到了一定程度的发展。
第二个阶段：分工协作的农村金融体系框架构筑阶段( 1994 年～1996年) 。在第一阶段改革的基础上，这一阶段的改革更明确了改革的目标和思路，提出了要建立一个能够为农业和农村经济发展提供及时、有效服务的金融体系的口号。更具体地说，这一农村金融体系包括以工商企业为主要服务对象的商业性金融机构（中国农业银行），主要为农户服务的合作金融机构（中国农村信用合作社），支持整个农业开发和农业技术进步、保证国家农副产品收购以及体现并实施其它国家政策的政策性金融机构（中国农业发展银行）。为此（1）1994年组建成立中国农业发展银行，试图通过该银行的建立将政策性金融业务从中国农业银行和农村信用合作社业务中剥离出来；（2）加快了中国农业银行商业化的步伐，包括全面推行经营目标责任制，对信贷资金进行规模经营，集中管理贷款的审批权限，等等；（3）进一步强化农村信用社的合作金融性质。根据国务院 1994年关于金融体制改革的决定，计划在 1994年基本完成县联社的组建工作，1995年大量组建农村信用合作银行。不过，实际进度大大落后于这一阶段所设计的目标。另外一个重要的政策变化就是决定农村信用合作社不再受中国农业银行管理，农村信用社的业务管理，改由县联社负责；对农村信用社的金融监督管理，由中国人民银行直接承担。
农村金融体制改革至第二阶段末，在中国广袤的农村地区，已基本形成合作金融、商业金融与政策金融三者并存且相互间业务不交叉的局面，为当地经济的发展注入了活力。
第三个阶段：农村信用社主体地位的形成及其农村金融改革的深化阶段(1997～2006) 。
在经历了亚洲金融危机和 1997年开始的通货紧缩后，中国金融业原先以“忽视内涵性增长、注重数量与规模扩张”为特征的外延式金融发展模式受到前所未有的挑战。因此，在强调继续深化金融体制改革的同时，对金融风险的控制也开始受到重视，客观上强化了农村信用合作社对农村金融市场的垄断。主要体现在：（1）开始在国有银行中推行贷款责任制；（2）收缩国有银行战线。1997年中央金融工作会议确定了“各国有商业银行收缩县（及以下）机构，发展中小金融机构，支持地方经济发展”的基本策略，包括农业银行在内的国有商业银行开始日渐收缩县及县以下机构；（3）打击各种非正规金融活动，对民间金融行为进行压抑。1999年在全国范围内撤消农村信用合作基金会，并对其进行清算；（4）将农村金融体制改革的重点确定为对农村信用合作社的改革上，且进入 2003年以来这一政策趋势日益明显且力度不断加大。包括：放宽对农村信用合作社贷款利率浮动范围的限制、加大国家财政投入以解决农村信用合作社的不良资产问题、推动并深化信用合作社改革试点工作等等。2003年6月，国务院印发《深化农村信用社改革试点方案》，11月底浙江、山东、江西、贵州、吉林、重庆、陕西和江苏 8省（市）农村信用社改革实施方案经国务院批准，这标志着深化农村信用社改革试点工作已进入全面实施阶段。2004 年8 月国务院又批准北京、天津、河北、山西、内蒙古、辽宁、黑龙江、上海、安徽、福建、河南、湖北、湖南、广东、广西、四川、云南、甘肃、宁夏、青海、新疆等 21 个省(区、市) 作为进一步深化农村信用社改革的试点地区。
在这一次的农信社试点改革得到了央行的资金支持，对试点地区农村信用社，采取两种方式给予适当的资金支持以解决农信社不良资产问题：一是由人民银行按照 2002年底实际资不抵债数额的50%，安排专项再贷款。二是由人民银行发行专项中央银行票据，用于置换农村信用社的不良贷款，票据期限两年，按适当利率分年付息。 2004年3月4日，首批中央银行专项票据发行，共向8省（市）272家联社发行中央银行专项票据 119亿元。 截至 2004年 8月末，中国人民银行已会同中国银监会，按照规定条件和程序严格审查考核，共批准 583个试点县（市）农信社分三批认购中央银行专项票据 346亿元。改革使全国农村信用社经营状况大为改观，资产质量和经营状况进一步改善。截至 2004年 9月末，全国农村信用社不良贷款余额 4630亿元，占比23.5％，较年初下降 6个百分点，前 9个月全国农村信用社轧差实现盈利 21.2亿元。但中央政府为此也支付了巨大的成本。
第四个阶段：探索试点开放农村金融市场的增量改革（2006～）。2006年伊始，农村金融改革步入第四阶段，我们把此阶段称为“新一轮改革”。与以往不同，新一轮改革将重点放在增量（即现行农村金融体系所缺乏的部分）上，而不是存量上。在改革的第三阶段，由于紧盯体制内的农信社，改来改去，很难触动既得利益阶层，结果白白支付了高昂的成本，农村金融落后的局面却并未根本改观。
在新一轮改革中，政府明显总结了以往的教训，在存量改革几近陷入困境的情况下，转变思路，在体制外部分寻找改革的着力点与突破口。这就是目前正在进行的新一轮改革的最大特征。
2006年的中央一号文件首次提出：“允许私有资本、外资参股乡村社区金融机构”，“大力培育由自然人、企业法人或社团法人发起的小额贷款组织”，“引导农户发展资金互助组织，规范民间借贷“。12月 22日，中国银监会发布《关于调整放宽农村地区银行业金融机构准入政策，更好支持社会主义新农村建设的若干意见》，决定在四川、吉林、内蒙古、湖北、甘肃、青海等 6省 (区)进行新型农村金融机构试点工作。首次允许产业资本和民间资本到农村地区新设银行，并提出要在农村增设村镇银行、贷款公司和农村资金互助社等三类金融机构。政策意图十分明显，即开放农村金融市场。
在此政策引导下，四川仪陇惠民村镇银行和四川仪陇惠民贷款公司分别作为我国首家村镇银行和首家贷款公司，在 2007年3月1日挂牌成立。仪陇惠民村镇银行由南充市商业银行和五家企业共同出资组建，注册资本为 100万元；而贷款公司由南充市商业银行独资设立，注册资本为 50万元。2007年3月9日，首家农村资金互助社吉林省四平市梨树县闫家村百信农村资金互助社挂牌成立。其注册资本为 10万元，由 32农户发起设立。
同时，外资商业银行开始进入农村金融市场。2007年 12月 13日湖北随州曾都汇丰村镇银行有限责任公司作为香港上海汇丰银行有限公司全额出资设立的全资子公司正式开业，其注册资本为 1000万元。除了汇丰村镇银行，花旗银行正准备选择试点地区设立贷款公司，格来岷信托拟通过技术合作形式参与试点，渣打银行也在积极筹划设立村镇银行。
从四川仪陇的试点情况看，新型金融机构的引入给农信社带来了前所未有的冲击。农信社的经营理念与工作方式发生了重大转变：从过去的消极等待变为现在的主动出击。当地农信社在新型金融机构的冲击下，开始主动接近村民，其中一个重要举措是为村民发放贷款证，并根据村民的具体情况在贷款证上注明不同的授信额度（在 1万元和 8万元之间）。这样，如果持证人将来有资金需要，就可以拿着“两证一章（即身份证、贷款证和私章）”，直接到农信社办理相关手续获得贷款，十分简便。此外，新型金融机构带给农信社的冲击，还体现在其业务功能的相对强大上。拿支付业务来说，惠民村镇银行由于依托南充市商业银行，给当地村民带来的便利是农信社所不能比拟的。当地村民流动性较大，经常外出务工，需要一卡在手，走遍天下。村镇银行能发行南充市商业银行卡，而南充市商业银行因与建设银行、民生银行和兴业银行等全国性银行联网，凭借此卡，村民可在全国各地进行支付。而当地农信社尚未实现市级联网，更不要说全国了。
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