刚果河的支流众多，右岸接纳了一系列重要河流，其中包括卢库加河、卢阿马河、埃利拉河、乌林迪河、洛瓦河等。卢库加河，源自坦噶尼喀湖，全长350公里，流域面积达27万平方公里。卢库加河是刚果河上游卢阿拉巴河段右岸的支流，完全位于刚果民主共和国境内。
阿鲁维米河，右岸支流，源自艾伯特湖西的蓝山，河长约1300公里，流域面积11.6万平方公里，上游称为伊图里河。乌班吉河则是右岸的最大支流，由姆博穆河和韦莱河汇流而成，其中姆博穆河全长724公里，流域面积25万平方公里，与刚果民主共和国、中非共和国和刚果共和国接壤。
桑加河由曼贝雷河与卡代河汇流而成，全长约1300公里，流域面积20万平方公里，流经中非共和国和刚果共和国，是刚果共和国与喀麦隆的界河。左岸的洛马米河源自卡坦加高原，全长1448公里，流域面积11万平方公里，河床上的瀑布景观颇为壮观。
卢隆加河由洛波里河和马林加河汇流而成，全长约1000公里，河口至巴桑库苏段全年通航。鲁基河则由布西拉河和蒙博约河汇合，主要以雨水补给，最大流量出现在10月至6月。开赛河发源于安哥拉，全长1940公里，是刚果河左岸的主要支流，流经多个国家，径流量巨大。
刚果河流域内拥有众多大湖泊，如坦噶尼喀湖，位于刚果民主共和国、坦桑尼亚、赞比亚和布隆迪交界，面积3.4万平方公里，是非洲最大的湖泊之一，仅次于贝加尔湖。
刚果河又称扎伊尔河。非洲第二长河。位于中西非。上游卢阿拉巴河发源于扎伊尔沙巴高原，最远源在赞比亚境内，叫谦比西河。北流出博约马瀑布后始称刚果河。干流流贯刚果盆地，河道呈弧形穿越刚果民主共和国，沿刚果（民）-刚果边界注入大西洋。全长约4700公里，流域面积约370万平方公里。