昆明理工大学机电工程学院拥有多个实力雄厚的研究机构，其中材料保护研究所创建于1992年，专注于机械镀、热浸镀和化学镀等工艺研究，是国内领先，国际影响力不容忽视。自1999年起，研究所成为学院的重要基地，致力于硕士研究生的培养，现有团队成员包括教授和讲师，已出版专著并发表多篇论文，拥有专利成果。他们的研究方向涵盖机械镀锌和热浸镀，未来将以深化理论研究和应用技术开发为发展方向。
流体控制工程研究所成立于1980年，致力于机、电、液、气伺服控制系统的研究，承担教学和科研任务，培养了多届硕士研究生，学术论文丰富。此外，机电技术研究所专注于机电技术应用和现代制造技术，配备了研究生团队，参与多项省部级项目，并定期举办全国性学术交流会议。
模具新技术研究所和机电产品开发技术创新研究所则聚焦于模具技术、CAD/CAM/CAE等领域，承担纵向和横向科研项目，已发表多篇学术论文并获得多项专利和科技进步奖项，为传统产业的提升和高新技术改造贡献力量。通过建设良好的研究环境，研究所为教学与研究提供了强有力的支持。
研究所积极参与各类科研项目，如省基金、教委项目和企业委托，涉及材料研究、软件开发和管理系统，其中"七彩虹 Rainbow FT"铸件模拟软件广受欢迎。研究所拥有一批教师和研究生，成果丰硕，包括论文和专利。研究所强调产品创新设计，致力于培养工业设计和CIMS应用领域的高级人才。
总体来看，昆明理工大学机电工程学院的研究所积累了丰富的制备工艺和特种材料开发经验，研究成果显著，为产业发展提供了强大的技术支撑。
1999年9月原昆明理工大学与原云南工业大学合并，组建了新的机电工程学院。昆明理工大学机电工程学院以机电学科为基础，立足云南、面向西部、辐射全国，以人才培养为中心，主要为地方经济与社会发展需要服务；以本科教育为主，积极发展研究生教育，适度发展成人教育，形成完善的学院办学层次；以学科建设为龙头，以机电为主，经管、艺术、计算机等学科交叉协调发展；以应用型人才为主，积极培养复合型、研究型人才；培养理论基础知识扎实，知识面广、创新能力强、素质高，富有团队精神、实践能力和创新意识的高级专门技术人才。