1、类型不同
工学硕士属于学术型硕士，工程硕士属于
专业型硕士。
学术型学位包括：哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学。专业学位包括：
工商管理硕士（MBA）、法律硕士、
公共管理硕士、教育硕士、公共卫生硕士、体育硕士、软件工程硕士、工程硕士、会计
专业硕士、建筑学硕士、临床硕士、艺术硕士、风景园林硕士、农业推广硕士专业学位、兽医硕士专业学位等。
2、培养方向不同
全日制学术型硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；GCT专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。全日制专业型硕士是国家为了克服学术型硕士的不足新增的一种新硕士，培养的是现在市场紧缺的应用型人才。
3、招生条件不同
全日制学术型硕士则不需要报考者有一定年限的工作经历。GCT专业硕士（目前已经取消）要求报考者有一定年限的工作经历，绝大多数专业硕士还要求在职人员报考需经所在单位或相应管理部门的同意，有的甚至要求所在单位推荐等。国家09年新增的一月份统考的全日制专业型硕士并不要求工作经验，招生条件跟原来的学术型硕士一样，应届生可以报考。
4、招生考试不同
全日制学术型硕士的招生考试只有年初的“统考”，而统考以外的专业考试则由各招生单位自行命题、阅卷。专业硕士的招生考试有10月份的“联考”和年初的“统考”两次机会，考生可以自行选择，而这两大国家级别的考试的专业考试，也由各招生单位自行命题、阅卷。GCT在职硕士是参加10月份的联考，全日制专业硕士跟原来全日制学术型硕士考试时间一样，都是每年一月份初试。
5、入学难度不同
全日制学术型硕士的全国硕士研究生入学统一考试（统考）完全是严进宽出的代表。据统计，2005年研究生考试考生人数为117万，招生人数只有32万，录取比例为3.7:1。北大、清华、
复旦等名牌大学，以及微电子、信息科学、生物医药、世界经济、国际金融等热门专业，由于报考者众多，录取率更低。据了解，一些名校热门专业的录取比例甚至为70：1。而一些二流学校的冷门专业却年年招不满。因此，入学难度取决于考生报考的学校和专业。
6、文凭颁发不同
全日制学术型硕士同时颁发学位和学历证书。 大多数GCT专业硕士只授予学位证书，没有学历证书。但也有例外，例如工商管理硕士、法律硕士、临床医学硕士、建筑学硕士等，就同时颁发学位和学历证书。 全日制专业硕士同时颁发学位和学历证书。
7、认可度不同
全日制学术型硕士：由于是全日制正规大学硕士毕业，拥有学历、学位双证，因此社会对这样的毕业生的认可度非常高。但企业在招聘时也会考虑到全日制硕士研究生的弱点：光有理论，经验不足。特别对于硕士专业与本科专业方向完全不同，又从无相关工作经验的求职者，企业会有所顾忌。建议这类毕业生通过实习、兼职或考
职业证书来加强自身的竞争力。
全日制专业型硕士：09年教育部才新增的硕士研究生。不过有国家颁发的“双证”，前景还不错，学费不低。