其实对于秦始皇的死因到今仍然是个不解之谜，至今流传甚广的有两种传说：
有人以《史记．李斯列传》、《蒙恬列传》等记载为据，认为秦始皇死得蹊跷，是古史上的谜案。其理由是，秦始皇并不像历史上有些封建帝王那样体弱多病。查诸史籍，未发现他患有暗病宿疾的记载，他的身体一向健壮。突出的例子是，秦王政二十年(前227)荆轲行刺时，他在惊慌中还能挣脱衣袖，绕着柱子逃跑，始终没让荆轲追上。秦始皇第五次出巡时，才五十岁，并不算衰老。在平原津得病，又走了一百四十多里到沙丘；在沙丘平台养病时，还能口授诏书给公子扶苏，说明他当时思维清晰如故，似非患有致命急病。总之，以秦始皇的体质与当时的情况看，还不至于在沙丘一病不起。值得注意的是，沙丘宫四面荒凉，宫室空旷深邃，相传原是殷纣王豢养禽兽之处。战国时，赵武灵王因庇护叛乱的长子章，被公子成和李兑包围于此，欲出不能，又不得食，最后活活饿死在沙丘宫中，可见其地与外界隔绝的程度。在这种环境之中，发生不测的可能性是很大的。但是到底究竟谁会在此下此毒手，史书均未有记载，无从考证。
另一种说法是，根据种种迹象推测，宦官赵高弑君的可能性很大。首先，赵高与蒙恬、蒙毅兄弟有宿怨。据说，赵高曾犯大罪，蒙毅以法治之，判其死刑，后因秦始皇过问，方得赦免。当时，蒙恬威振匈奴，蒙毅位至上卿，一为武将任外事，一为文臣主内谋，不仅深得始皇信任，还为公子扶苏所倚重。一旦扶苏即位，蒙氏兄弟的地位必将更加巩固。因此，赵高对蒙氏兄弟既恨又怕，如要摆脱来自蒙氏兄弟的威胁，必须设法阻止扶苏即位。这样，赵高惟有投靠秦始皇最宠爱的第十八子胡亥，因为胡亥是除扶苏外最有可能继承皇位的人。以胡亥来对抗扶苏，这是赵高蓄谋已久的。为了自身的利益，他时刻都在寻机除掉扶苏、蒙氏兄弟。其次，始皇在沙丘养病，给赵高提供了一个谋杀的机会。始皇病重，下诏给扶苏说：“与丧会咸阳而葬。”显然是想要扶苏继位。赵高明白，此事有关自己的生死荣辱，须当机立断。当时始皇身边仅丞相李斯在侧，而李斯私心重，容易控制，其他侍从均是赵高安插的同党。还有，以赵高当时的处境看，也只能出此一招，别无选择。秦始皇口授诏书给扶苏时，赵高参与其事。诏书封好后，赵高却扣压未发，欲找机会说服胡亥和李斯，矫诏杀扶苏。但诏书不能扣压太久，万一始皇病情有起色，得知诏书未发，赵高就获死罪。万一始皇弥留不死，李斯又未被说服，反而向始皇告发，赵高也要被杀头。所以，只有在劝说李斯之前杀了始皇，才能万无一失。始皇一死，就不怕李斯不就范，也不会有人追问诏书的事了。可见，赵高在扣压诏书的一刻起，就如同箭在弦上，不得不发了。
从以上分析来看，赵高作为秦始皇爆毙事件中付有不可推卸的责任。曾经郭沫若在历史小说《秦始皇之死》中刚到平源津起身渡黄河时，癫痫病发作，后脑壳撞在青铜器冰鉴上，加重了脑膜炎的病情，人处于昏迷状态，于是一路疲惫交加得赶到沙丘后，只是住宿一夜，第二天就被赵高、李斯发觉秦始皇右耳流出黑血，而且右耳孔内有一根寸长的铁钉置入脑内，秦始皇死了。而幕后谋害者为胡亥为争夺皇位联合赵高将秦始皇置与死地，假传圣旨命扶苏自杀，清除眼中钉，在这里赵高只不过是一个从犯罢了。
其实，据邹邹分析，当时的胡亥只是一个贪图享受、昏庸无道的公子哥，应该是与三国的刘单一路货色。而赵高一直是胡亥的老师，传授秦朝的法律法规，空闲时间一直向胡亥灌输誓当君主的思想，因为本着为自己出发考虑，赵高作为秦始皇身边上传下达的话筒，其重要性不可而喻，这也是当时为什么秦朝的文武百官都要敬他三分的道理，所以在整个秦始皇被杀案件中，没有赵高的主导位置，单凭胡亥的秘密策划，远远是达不到的。秦始皇死后，皇帝的诏书、玉玺均在赵高手中，那么自然继承王位的决定权也掌握在他手中，如果他只是一个单单的小太监的话，可以向胡亥敲一笔不菲的过路费。可他没有，而是胁迫李斯与自己假传圣旨，职责扶苏不孝命其自杀，指责蒙毅不忠命其自杀，而且为了掩人耳目，一路返回咸阳之时，尸体发臭，竟然以臭鱼迷惑。回到咸阳，当即昭示天下秦始皇驾崩，陷害蒙氏兄弟，诛杀诸公子，最后竟然陷害李斯，将李斯投狱治罪，腰斩于市，典型的杀人灭口。
那他为什么要杀秦始皇呢？因为曾经他对李斯所讲：长子刚毅而武勇，信人而奋士，即位后必用蒙毅为丞相。而他以为曾经蒙毅治自己于死罪未果，当上丞相之后，肯定会怀恨在心，到时候退居二线的秦始皇说话恐怕也不能管用，为保自己性命，只能将秦始皇杀死之后，假立胡亥为君，方可保住自己性命。
真相大白于天下。秦始皇竟然死于一个太监的手上，活脱脱一出宫廷政变悲剧的牺牲品，一代枭雄死得可惜。
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