南京著名大学有：
一、南京大学
南京大学，简称“南大”，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的综合性全国重点大学，是历史悠久、声誉卓著的百年名校。位列世界一流大学建设高校、”211工程“、”985工程”。
是九校联盟、中国大学校长联谊会、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟、国际应用科技开发协作网、东亚研究型大学协会和新工科教育国际联盟成员。
入选“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、卓越工程师教育培养计划、卓越医生教育培养计划、卓越法律人才教育培养计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、新工科研究与实践项目、中国政府奖学金来华留学生接收院校。
二、东南大学
东南大学，简称“东大”，位于江苏省会南京，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，建筑老八校及原四大工学院之一，国家首批双一流（A类）、211工程、985工程重点建设高校。
入选2011计划、111计划、卓越工程师教育培养计划、卓越医生教育培养计划、国家级大学生创新创业训练计划、国家大学生创新性实验计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、全国深化创新创业教育改革示范高校。
入选中国政府奖学金来华留学生接收院校、教育部来华留学示范基地，卓越大学联盟、中俄工科大学联盟、中欧工程教育平台”、长三角高校合作联盟主要成员，国家国防科技工业局与教育部共建。
三、河海大学
河海大学，简称“河海”，位于江苏省会南京市，是以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属，教育部、水利部、国家海洋局与江苏省人民政府共建的全国重点大学。
是国家首批具有博士、硕士、学士三级学位授予权的单位，国家“211工程”重点建设、”985工程优势学科创新平台“建设以及设立研究生院的高校，是国家世界一流学科建设高校和国家卓越工程师教育培养计划高校。
四、南京邮电大学
南京邮电大学，简称“南邮”，坐落于六朝古都南京，是原由工业与信息化部直属，现教育部、工业与信息化部、国家邮政局与江苏省共建的以电子信息为特色，工学门类为主体，理、工、经、管、文、教、艺、法等多学科相互交融。
博士后、博士、硕士、本科等多层次教育协调发展的综合性重点大学，是入选首批国家“双一流”世界一流学科建设、首批国家“2011计划”建设、国家“111计划”建设 、国际电信联盟首个学术成员、教育部“卓越工程师教育培养计划”建设、江苏高水平大学建设的名牌高校 。
五、南京林业大学
南京林业大学简称“南林”，位于江苏南京，是一所由国家林业局和江苏省人民政府共建的省属重点大学，是世界一流学科建设高校。
入选国家首批“卓越农林人才教育培养计划”、“特色重点学科项目”、江苏省“2011协同创新中心”、江苏省“卓越工程师教育培养计划”，为江苏省十五所重点建设大学成员，是以林科为特色，以资源、生态和环境类学科为优势的多科性大学。
参考资料来源：
1、南京大学
南京大学（Nanjing University），简称“南大”，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的综合性全国重点大学，是历史悠久、声誉卓著的百年名校。
2、东南大学
东南大学（Southeast University），简称“东大”，位于江苏省会南京，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，著名的建筑老八校及原四大工学院之一，国家首批“211工程”、“985工程”、“双一流”A类世界一流大学建设高校。
3、南京农业大学
南京农业大学（Nanjing Agricultural University）坐落于虎踞龙蟠的古都南京，是一所以农业科学与生命科学为优势和特色，农、理、经、管、工、文、法学多学科协调发展的教育部直属全国重点大学，是国家“双一流”、“211工程”、“985工程优势学科创新平台”重点建设高校之一。
4、南京航空航天大学
南京航空航天大学（Nanjing University of Aeronautics and Astronautics）简称南航，是中华人民共和国工业和信息化部直属的一所具有航空航天民航特色、以理工类为主的综合性全国重点大学，是国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”重点建设高校。
5、江苏警官学院
江苏警官学院，是江苏省公安政法类本科院校，是全国首批建立的省属公安本科院校。
学校创办于1949年6月，是全国第一所公安学校。2007年10月，在全国省属公安高校中第一个接受教育部组织的本科教学工作水平评估并获得良好结论。
参考资料：百度百科《南京大学》
2，东南大学。中央大学的主要继承者，瘦死的骆驼经比马大，何况东大在吃了铁医之后，实力更和南理工南航拉开了一截。
3，南京航空航天大学。南京航空学院和北京航空学院一样都曾为国家作出过特殊的贡献，国家自然也不会亏待他们。美国佬野蛮轰炸我驻南使馆之后，南航更是马上得到了八千万做为发展基金。靠着这笔钱，南航财大气粗的抛出了全国最高的入学奖学金。
4，南京理工大学。炮兵工程学院靠着国家足够的投入，其实力一直在增长。只是其学风好象不是工科院校：学校有点像个集市，而夏天打赤膊的男生更不少见。
5，河海大学。虽然其学校一直在走下坡路，但昔日的华东水利学院实力仍不可小视，在水利方面仍是老大。
6，南京农业大学。虽然是冷门，但南农在其领地实在是太强了，可以和中国农业大学比高低。
7，南京师范大学。本来跟本成不了气候，但靠着江苏省九五期间重点建设的东风，使其学校发展壮大起来，马上的金陵大学会成为一所比较完备的综合性大学。
8，南京工业大学。南京化工大学和南京建筑工程学院就其本来而言不过如此，但两校一合并成为江苏省十五期间建设的重点学校，加上南化出了一个学术上的牛人，前途不可小视。
9，中国药科大学。本来其实力不强，但由于医药业的高利润和生物制药的热门使其开始发标。
10，南京邮电学院。把南邮排在这里会不会糟到南邮学生的痛骂，但南邮做为一所大学只有一幢主楼的现实和学术上的先天不足：没有院士没有博士点，和其专业设置上面的狭窄其排名难以提高，其学生的目空一切与就业的短视（只往单位，赚钱的多的地方跑，不往学术机构跑）使其学术氛围更加不够。虽然如此，南邮有着南京第二的生源（仅次于南大）和专业热门的优势以及传统的良好的学风，做为学生自己而言，成为南邮人仍为一种很理想的选择。
11，南京林业大学。南林大一样是冷门，虽然有者很强的实力但不能和南农大相提并论。
12，南京经济学院。南京财经大学只不过是未来的事情，但专业都还好，还有潜力。
13，南京气象学院。把南气排在这边并不是她不行，只不过她的规模太小和专业性太强。其实南气受到的重视程度应该是很高的。就业也很好。应该发展规模，另外，把名字改掉。
14，南京审计学院。南审排在最后应该是很冤的，应该她是全国审计系统唯一的高校。是国家审计总署的掌上明珠，就业和南气一增，都很好。但就学术实力和规模来说，她确实有待提高本回答被网友采纳
教育部直属高校：
南京大学
东南大学
南京农业大学
河海大学
中国药科大学
国防科工委直属院校：
南京航空航天大学
南京理工大学
解放军总参直属院校：
解放军理工大学
南京陆军指挥学院
海军指挥学院
解放军总政直属院校：
南京政治学院
解放军国际关系学院
江苏省属院校：
南京师范大学
南京医科大学
南京中医药大学
南京艺术学院
南京体育学院
南京财经大学
南京审计学院
江苏警官学院
南京信息工程大学
南京工业大学
南京林业大学
南京邮电学院
晓庄师范学院
南京工程学院
江苏省教育厅直属院校：
三江大学
钟山学院