日本的九州是指九州岛，九州岛是组成日本主要领土的四大岛屿之一（北海道，本州，四国，九州）。
这里的九州只是一个单一的地理名词。
中国的九州，是指秦朝统一中国后，废除了分封制，使用郡县制之后采用的行政划分，将全国划分成九州分别是冀州、兖州、青州、徐州、扬州、荆州、豫州、梁州、雍州（后来到了汉代，划分成12州，分别从冀州分出并州，从青州分出营州，从雍州分出梁州，新分出的3州加上原有的9州，合成为12州）。
所以，中国的九州是一个行政格局，后世也用九州来借指中国。
两个词虽然一样，但是所指的概念是有很大差距的，并没有什么关系。
顺便给您举个例子：
日本也有“中国”。在日本新闻中，经常会提到“中国地方”的字样，日本通常将日本本州岛西部的山阳道、山阴道地区，包含鸟取县、岛根县、冈山县、广岛县、山口县等5个县统称为“中国地方”
这也是个地理称呼，是日本平安时代的延喜式最先采用。当时日本全国的驿站按照地区分类，分为近国、中国和远国。这种分类，在大约从10世纪开始普遍使用。
而我们中国人的中国，则是一个主权国家概念，这两个“中国”的汉字书写方式虽然一样，但是也是没有丝毫关系的，概念也是截然不同的。
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