1、目的不同：
控制测试：为防止或发现并纠正的审计程序。
实质性程序：为了发现重大错报风险的审计程序。
2、性质不同：
控制测试：事前审计程序。
实质性程序：事后审计程序。
3、实施前题条件不同：
控制测试：首先要获取关于控制是否有效运行审计证据，即控制在所审计期间的不同时点是如何运行的；是否得到一贯执行；由谁执行；以何种方式运行（如人工控制或自动化控制）。
实质性程序：需要各类交易、账户余额、列报和披露的细节测试以及实质性分析程序。
扩展资料
审计程序实施注意事项：
1、信息技术处理具有内在一贯性，除非系统发生变动，一项自动化应用控制应当一贯运行。对于一项自动化应用控制，一旦确定被审计单位正在执行该控制，注册会计师通常无须扩大控制测试的范围，但需要考虑执行下列测试以确定该控制持续有效运行。
2、测试与该应用控制有关的一般控制的运行有效性。
3、确定对交易的处理是否使用授权批准的软件版本。
参考资料来源百度百科-控制测试
参考资料来源百度百科-实质性程序
审计中的控制测试与实质性程序的区别如下：
1、测试性质不同
实质性分析程序从技术特征上仍然是分析程序，主要是通过研究数据间关系评价信息，只是将该技术方法用作实质性程序，即用以识别各类交易、账户余额、列报及相关认定是否存在错报。
而控制测试用于评价内部控制在防止或发现并纠正认定层次重大错报方面的运行有效性的审计程序。
2、测试内容不同
控制设计测试，即对被审计单位的内部控制政策和程序的设计是否适当所进行的审计程序。
而实质性程序，即被审计单位的内部控制政策和程序是否发挥应有的作用。如果被审计单位的控制政策和程序未能发挥其应有的作用，即使设计得再完整，也不能减少财务报表中出现重大错报或漏报的风险。
3、目的不同
控制测试目的是确定被审计单位的内部控制是否能够防止和发现特定财务报表认定的重大错报或漏报。
而实质性程序以应对评估的重大错报风险。为证实控制能够防止或发现并纠正认定层次重大错报，所需获取审计证据的相关性和可靠性。对审计证据的相关性和可靠性要求越高，控制测试的范围越大。
参考资料来源：百度百科-控制测试
本回答被网友采纳帮考网孙超凡老师讲注册会计师考试核心考点：实施实质性程序的结果对控制测试结果的影响
比如说，你想知道某单位的现金是设有出纳还是没有，是否是由会计兼出纳。这是控制测试。你想知道某单位购进的存货是不是有专人验收入库，并将验收入库单据有效传递给会计，这也是控制测试，你想知道副经理审批某项支出是不是得到了经理的授权，这也是控制测试。
比如说，你想知道某单位的成本结转是不是正确，于是你运用特定的方法进行了验算，这是实质性测试，你想知道某单位的固定资产是否存在，于你组织单位进行盘点，并进行了监盘，这也是实质性测试，你对某些错误的会计处理进行了审计记录，这也是实质性测试。