肝内胆管结石比较麻烦，如果长大，会引起胆管堵塞以及一系列的并发症。也可引起化脓性炎症。以及胆汁性肝硬化。所以建议及早治疗。
治疗：
1.无创保肝取石术
无创保肝取石是在ERCP内镜基础上，采用十二指肠大乳头球囊扩张胆管出口，将ERCP纤维内镜送入胆总管内，通过胆总管直达肝内胆管，通过肝内胆管球囊扩张肝内胆管，扩开肝内胆管内径，通畅取石通道，可以一次性彻底清除肝内胆管结石，手术全程在视频可视下内镜操作，无痛、无创伤、无出血，一次彻底治愈肝内胆管结石，保住正常的肝脏组织。
2.手术治疗
目的是尽量取净结石，解除胆道梗阻和狭窄，消除肝内感染性的病灶，从而使胆汁的排出畅通。手术的方法主要有：①高位胆管切开取石；②胆肠内引流；③消除肝内感染性病灶。
3.残石的处理
一旦患者在术后经T管造影被发现有胆道残留结石时，可在窦道形成后拔除T管，经窦道插入纤维胆道镜，在直视下用取石钳、网篮等取石。如结石过大可采用激光碎石、微爆破碎石或其他方法将残石碎裂成小块后再取出。
一般情况下，肝内胆管结石患者多无明显的临床症状，但这种静止状态不会一成不变的。当遇到寒冷、劳累过度或饮食不当等不良刺激时，患者肝内胆管中的结石就有可能由“静”变“动”，从而出现相应的症状。因此，患者应配合医生进行长期的观察和防治，不管有无症状，也不管结石的数目多少、体积大小以及是否引起肝脏的病变。有条件的患者还应定期做肝、胆B超检查和肝功能的生化检查，这样可随时了解结石的位置、性质以及肝功能是否出现了继发性病变。
第一个手术费用比较高，但对机体伤害较小。
第二种手术治疗是属常规手术，术后一般会带T袋观察一个月左右，造影无石再取出来。所以治疗时间较长，也比较痛苦。
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