内蒙古师范大学音乐学院的研究生教育涵盖了音乐学和少数民族艺术两个硕士学位点。音乐学硕士学位点自1986年设立以来，是首批获得授予权的全国高师院校之一，设有作曲理论与教学、音乐鉴赏与教学、声乐演唱与教学和钢琴演奏与教学四个研究方向，体现了学院在音乐理论和实践教学方面的深厚底蕴。
与美术学院合作的少数民族艺术硕士学位点，着重于少数民族音乐研究。学院还具有课程与教学论·音乐硕士及教育硕士研究生的招生资格，为学生提供了多元化的学习选择。1999年，音乐学学位点开始招收以研究生毕业同等学力攻读硕士学位的学生，研究生教育规模逐渐扩大。
目前，音乐学院研究生教育拥有7个研究方向，10位经验丰富的硕士生导师，共有在读研究生34名，研究生课程班学生44名。学院科研实力雄厚，完成了多项国家级和省部级科研项目，发表了众多专著和论文，屡获省部级及厅局级奖项，当前在研项目包括国家级三项、省部级一项和校级十余项，显示了学院在学术研究领域的活跃和影响力。
学院注重实践教学，通过举办学术研讨会如1999年的《全国民族音乐教育学术研讨会》，拓宽了教师和学生的学术视野，与音乐界权威专家建立紧密联系，提升了学院的社会知名度。同时，学院积极组织艺术实践活动，学生在校期间和毕业后多次在国家级比赛中获奖，如中央电视台全国青年歌手电视大奖赛，2001年女声小合唱组还荣获全国大学生艺术歌曲比赛二等奖。
近年来，学院加强了国内外学术交流，与国内专业院校和师范院校保持密切合作，邀请知名专家和国际友人来院讲学和授课，同时学院领导也积极访问国际知名大学，如日本东京艺术大学、京都艺术大学和日内瓦音乐学院，这无疑为学院的研究生教育增添了国际视野和交流机会。
内蒙古师范大学音乐学院，是内蒙古师范大学的二级学院。其前身内蒙古师范学院艺术科，院现有在职教职工72人,有专任教师60人.其中有教授4人,副教授15人,讲师35人, 博士2人,硕士17人,在读博士2人,在读硕士6人,国外学习2人。此外，常年外聘专业教师和客座 教授22人，共计任课教师达82人。学院设有研究生教育、本科教育、成人教育，立足内蒙古， 面向全国招生。蒙汉两种语言授课，各成体系。目前各类在籍学生1354人，其中全日制本科学 生471人，硕士研究生34人，脱产本、专科成人学生105人，函授本、专科成人学生834人。