在解决按键精灵脚本不能后台运行的问题时，首先需要确认的是，当只运行一个游戏窗口时，是否能够在后台正确执行。如果发现不能正常运行，那么很可能是游戏开发商针对后台操作进行了屏蔽，这种情况下，你只能选择在前台运行。这通常是因为游戏的代码中包含了检测是否为前台窗口的逻辑，如果不在前台，一些操作将被禁止。
另一种情况是，即便单个游戏窗口能够在后台正确运行，如果脚本不能同时管理多个窗口的句柄，也会出现问题。在获取多个窗口的句柄时，如果代码中存在错误，比如句柄获取逻辑不当，或者句柄获取后处理不当，都会导致脚本无法正确执行。因此，检查获取窗口句柄的代码是否正确，是解决问题的关键。
在实际操作中，可以尝试使用一些调试工具，如任务管理器，来确认脚本是否在后台正确获取了窗口句柄。同时，确保脚本中的代码逻辑正确，比如正确地初始化、传递参数、以及处理返回值等。此外，检查是否有任何权限问题，比如脚本是否获得了足够的权限来执行后台操作。
如果上述方法仍无法解决问题，可以考虑查看按键精灵的官方文档或寻求社区的帮助。有时候，开发者可能会提供一些特定的解决方案或注意事项，这些信息往往能帮助你找到问题的根源。同时，确保你的脚本和其他相关软件都是最新版本，这也有助于避免由于兼容性问题导致的问题。
总之，解决按键精灵脚本不能后台运行的问题需要从多个角度进行排查，包括游戏窗口的运行环境、获取窗口句柄的代码逻辑，以及脚本的权限设置等。通过细致的检查和调试，通常可以找到并解决这些问题。
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