r语言跟着Nature Communications学绘图—tree+分支颜色调整+分组注释+热图注释+柱状堆积图注释！！！

Question

如题所述

Answer 1

绘制 R 语言与自然通讯合作学习绘图，涉及树状图、分支颜色调整、分组注释、热图注释与柱状堆积图注释，具体操作如下：

首先，清除全局环境并设定工作路径为桌面，加载相关 R 包，包括 ggtree、ape、vegan、ggtreeExtra、ggnewscale 和 ggstar。

接着，读取数据文件，计算距离矩阵并使用类平均法进行层次聚类，转换为系统发育格式，并将分组信息与树组合，使用 ggtree 进行初步展示。

整理注释所需数据，包括分组注释信息、物种丰度与分类信息，以及对重复数据的处理。

利用 R 代码实现对注释信息的添加，包括分支颜色自定义、第一层至第六层注释，覆盖了 Diet、Diet (detailed)、Habitat、Captive-wild 和 Sample type 等信息。

最终，利用 ggtree 绘制进化树并添加各层注释信息，实现了树状图的详细可视化，为数据分析提供了直观的图形展示。

此内容为个人学习记录分享，旨在促进交流与学习，鼓励大家一起探讨与实践 R 语言绘图技巧。