高频地波雷达在日常运行中面临诸多挑战，其中首要问题是抗干扰能力。由于其工作在短波段，这一频段恰好是高频通信、广播及大气、天电噪声等多重干扰的密集区域。电离层干扰尤其在高频段低端，对雷达探测性能构成严重威胁，可能导致远距离目标（如一两百公里外）几乎无法被准确探测。目前，尽管国内外学者对此进行了深入研究，但电离层形态及其变化的复杂性使得至今尚未找到一种能在各种情况下都能有效对抗电离层干扰的技术。解决这一问题仍然是高频地波雷达发展中的关键难题。
电离层干扰对雷达的干扰效应不容忽视，它不仅影响雷达的精度，还可能对数据的可靠性产生影响。研究人员正在积极探索新的抗干扰策略，例如通过改进信号处理算法，或者利用实时监测电离层状态的手段，以期找到一种动态适应的解决方案。然而，这项任务的复杂性和不确定性使得攻克难题的过程充满了挑战。
总的来说，高频地波雷达需要在应对电离层干扰及其他干扰的同时，提升自身的信号处理能力和抗干扰技术，以确保在复杂电磁环境下仍能保持高效、准确的探测性能。这是一项需要持续科研投入和技术创新的长期任务。
高频地波雷达作为一种新兴的海洋监测技术，具有超视距、大范围、全天候以及低成本等优点，被认为是一种能实现对各国专属经济区(EEZ)监测进行有效监测的高科技手段。各临海发达国家均进行了研发投入，并实施了多年的对比验证和应用示范。