嘉兴南站周边的公共交通系统十分便捷，提供了多条公交线路连接各个重要区域。以下是部分公交线路的详细信息:
93路公交从综合交通枢纽（高铁嘉兴南站）出发，终点是公交禾兴北路场，运行时间从6:00至21:40/7:00至22:40，共停靠28个站点，包括石堰、植物园等。
95路公交连接嘉兴南站和火车站，分为站站停和直达车，站站停全程约15至35分钟，直达车约15至25分钟。该线路停靠石堰、中央公园等11个站点。
96路从嘉兴南站至南湖科创中心，运营时间为6:00至17:30，沿途经过18个站点，如同济大学浙江学院、南湖区政府等。
97路从南站到江南摩尔，停靠中南公寓、泰宁路等16个站点，运行时间6:00至18:00。
城乡公交方面，108路从高铁南站到新丰，白天每隔15至20分钟一班车，夜间改为30分钟一班，单程约40分钟。201路则连接王店和余新，全程45分钟，首末班车时间分别为6:30和16:40。
此外，大嘉兴市域轨道交通也对城市交通有所补充，包括一号线和三号线，为市民出行提供了另一种高效的选择。