食品经营许可证的申请流程如下：1、首先填写好食品经营许可证的申请表。2、准备法人身份证复印件、从业人员身份证复印件和健康证。然后制定食品安全管理制度。3、绘制店铺的平面图。提交缴纳税费单据证明，证实自己所使用的水是正规自来水公司提供的。4、到当地市场监督管理局提交如下资料：(1)《食品流通许可申请书》;(2)《名称预先核准通知书》复印件;(3)与食品经营相适应的经营场所的使用证明;(4)负责人及食品安全管理人员的身份证明;(5)与食品经营相适应的经营设备、工具清单;(6)与食品经营相适应的经营设施空间布局和操作流程的文件;(7)食品安全管理制度文本;(8)省、自治区、直辖市工商行政管理局规定的其他材料。5、资料提交成功之后，市场监督管理局会安排人员来看场地。6、检查通过后，在一定时间内通知申请人来领取食品经营许可证。
【法律依据】：《食品经营许可管理办法》第十一条申请食品经营许可，应当符合下列条件：
(一)具有与经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、销售、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离;(二)具有与经营的食品品种、数量相适应的经营设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施;(三)有专职或者兼职的食品安全管理人员和保证食品安全的规章制度;具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物;法律、法规规定的其他条件。
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