华南造山系位于中国东南部，其北、西部与扬子地台相邻。该造山系基底是一个争论焦点，从目前所知其最老地层年龄值多在2.6～1.0Ga之间。据对比其中的古元古界与扬子地台有相似之处，而中新元古界则有一定差别。于是，构造学家认为它很可能是在中元古代末扬子地台东缘发生开裂，形成一个狭窄的南华洋盆，而华夏古陆则从扬子地台分离出去。因此，华南造山系演化历史应始于中新元古代，并可划分为3个阶段。
1.中新元古代-早古生代阶段
南华洋盆自中元古代末开裂后经过蓟县纪萎缩、离散后于新元古代初期开始形成了裂谷式海槽，沉积了一套以泥砂质为主的碎屑岩建造，并在陆缘常夹有中基性火山岩或细碧角斑岩系，有时具有Fe、Cu等矿化。震旦-寒武纪以后，华夏陆块大部分沉没于水下，包括现今的东南沿海平潭-南澳一带，均属于海槽范围，并漂移于北纬赤道附近，沉积了巨厚的浅海—次深海复理石建造。其中以奥陶纪达到高潮，层序较全，发育良好。志留纪南华海槽开始向西南方向收缩，直到志留纪末海槽大部分封闭了。在这过程中虽然在赣中、粤北等地见有铁镁质与超镁铁质岩层状岩体，但始终未发现蛇缘岩套，看来华南海槽是在古陆壳基础发展起来的，活动性不大，属于冒地槽性质。在海槽闭合时伴有陆壳重熔型花岗岩侵入活动，在个别地区有Cu、Sn、Pb、Zn等矿化。
2.晚古生代-中三叠世阶段
加里东晚期运动将古南华海槽闭合，并与扬子地台联为一体，处于相对稳定环境。早泥盆世初本区开始由西南向北、向东北方向海侵，形成一陆表海，超覆于下古生界之上。中上泥盆统—下二叠统为一套碎屑岩与碳酸盐岩组合，厚度较大，并且在陆表海边缘潮坪相与台地相沉积之间常有Fe、P等沉积成矿作用，形成了湘中铁矿；在礁灰岩相发育地方具有层状Pb、Zn等矿化，形成了粤北-湘中Pb、Zn矿；这次区域成矿作用规模较大，分布广泛，是我国南方一次重要的成矿地质事件。早二叠世末受东吴运动影响，使上、下二叠统呈不整合接触，局部地区如粤北还伴有火山喷发，为我国南方重要成煤时期。中三叠世末受印支运动影响大部分地区结束了海侵，仅广西右江地区仍具较大活动性，沉积了巨厚的砂页岩夹粉砂岩、泥灰岩，局部有硅质岩、火山岩，具有浊流沉积的特征，并伴有较广泛的Hg、Sb、As、Au矿化，成为重要的金、锑、汞、砷矿赋矿层或矿源层。
3.晚三叠世-新生代阶段
印支运动后全区逐渐隆升，晚三叠世至中早侏罗世沉积了海陆交互相或河流湖泊相的煤系地层。中侏罗世后受燕山运动影响形成了规模不一的断陷盆地。在东部沿海地区具有规模较大的火山喷发活动，属于分异较好的钙碱性系列。喷发强度从沿海向内地逐渐减弱。在火山喷发期间或之后常有岩浆侵入活动。通常在沿海一带以壳幔同熔型为主，而向内地则过渡为陆壳重熔型，其晚期还有碱性花岗岩或基性岩侵入，并与有色金属成矿作用关系密切，成为我国重要的一次成矿地质事件。其中与陆壳重熔型花岗岩类有关，以热液型为主的W、Sn、Mo、Bi、Cu、Pb、Zn、稀有元素、稀土元素成矿作用，与壳幔同熔型花岗岩类有关，以夕卡岩型为主的Fe、Cu、Pb、Zn等成矿作用，构成了我国南岭有色金属成矿带和东南沿海有色金属成矿带。上新世—更新世以来受亚热气候影响该区风化剥蚀作用以及红土化现象十分显著，又出现一次范围较大的表生成矿作用，特别是在燕山期花岗岩类及其矿产分布区范围内形成了以稀土元素、稀有元素为主的离子吸附型矿床与砂矿床，构成了我国重要的东南沿海稀有元素、稀土元素矿成矿带。