战国时，公元前316年秦置湔氐道（今松潘），阿坝州始有建制。
西汉置汶山郡。晋、隋袭旧制有所拓展。唐代建置时有兴废，演变频繁。宋置茂州通化郡、威州维川郡。
元为土司制度之始，明置于茂州、威州、松潘卫，分辖各土司及千户所。
清设茂州、理番厅、松潘厅、懋功厅。民国之初改厅州为县，继后设松理懋茂汶屯殖督办公署，后改为四川省第十六行政督察区，辖松潘、茂县、汶川、理县、懋功（今小金）、靖化（今金川）6县及草地65部、20个土司、11个屯守备。
1952年茂县专区属四川省领导。
1953年1月1日撤销茂县专区，改设四川省藏族自治区。原懋功县改称小金县（驻美兴镇）；原靖化县改称大金县；由松潘县部分地区设置南坪县（驻南坪）；理县驻地迁杂谷脑。原阿坝地区改设阿坝县（驻中阿坝）；原黑水地区改设芦花县（驻芦花）；原若尔盖地区改设若尔盖县（驻纳摩寺）；大金县的绰斯甲地区建立县级行政委员会（驻舟山）。将卓克基、松岗、党坝、梭磨四土司分别建立相当于区的政权机构，并在四土的中心地区马尔康暂设相当于县级的行政机构--四川省藏族自治区人民政府办事处。四川省藏族自治区辖10县、1县级行政委员会、1县级办事处。
1954年芦花县改名黑水县，若尔盖县由纳摩寺迁驻达扎寺。
1955年四川省藏族自治区改设阿坝藏族自治州，自治州人民委员会驻刷经寺。
1956年原四川省藏族自治区人民政府办事处（四土）改设为马尔康县。绰斯甲行政委员会改为绰斯甲县，驻地迁观音桥。阿坝藏族自治州辖12县。
1958年阿坝藏族自治州驻地由刷经寺迁马尔康县城。由壤塘行政委员会设立壤塘县（驻南木达）。撤销茂县、汶川2县。同年7月7日由原茂县、汶川2县全部辖区和理县部分地区合并设立茂汶羌族自治县（驻威州镇）。理县迁驻刷经寺。阿坝藏族自治州辖11县、1自治县。
1959年壤塘县迁驻壤塘；理县迁驻哈拉玛。
1960年撤销理县，以原理县和阿坝县的部分地区设立红原县（驻哈拉玛）；原理县的其余地区并入茂汶羌族自治县和马尔康县。撤销南坪县，并入松潘县。大金县改名为金川县。撤销绰斯甲县，并入金川、壤塘2县。阿坝藏族自治州辖9县、1自治县。
1963年恢复南坪（驻南坪）、汶川（驻威州镇）、理县（驻杂谷脑）3县；茂汶羌族自治县由威州镇迁驻凤仪镇。阿坝藏族自治州辖12县、1自治县。
1987年，阿坝藏族自治州更名为阿坝藏族羌族自治州。
2015年10月四川省阿坝州马尔康县撤县建市获国务院通过。
