申请保密资质手续如下：
1、机关、单位委托资质单位从事涉密信息系统集成业务应当查验其《资质证书》，与其签订保密协议，提出保密要求，采取保密措施。
2、如果资质单位与其他单位合作开展涉密信息系统集成业务，合作单位应当具有相应资质，且应当取得委托方书面同意。资质单位不得将涉密信息系统集成业务分包或转包给无相应资质的单位。
3、申请保密资质的条件如下：
（1）须有完善的保密制度完善和健全的保密组织；
（2）有专门机构或者人员负责保密工作；
（3）用于涉密信息系统集成业务的场所、设施、设备须符合国家保密规定和标准；
（4）从事涉密信息系统集成业务人员的审查、考核手续须完备等。
（5）参与涉密信息系统集成业务的人员须参加保密行政管理部门组织的保密知识和技能考试，合格后方可从事涉密信息系统集成业务，并且要保守工作中知悉的国家秘密。
扩展资料：
国家保密局2014年2月对《涉及国家秘密的计算机信息系统集成资质管理办法》进行了修订，涉密信息系统集成资质分为甲级和乙级两个等级， 涉密信息系统集成资质实行年度审查制度。
其修订稿显示，甲级资质单位可以在全国范围内从事绝密级、机密级和秘密级信息系统集成业务；乙级资质单位可以在注册地省、自治区、直辖市行政区域内从事机密级、秘密级信息系统集成业务。年度审查由省、自治区、直辖市保密行政管理部门负责。
参考资料来源：中国政府采购新闻网 -分级管理涉密信息系统集成资质
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