简单来说：那些人是偏执狂，把小马当成了自己的小马，别理他们就行了。
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下面字多，大多是分析，想看就请耐着性子看；不想看只要看完“简单来说”的内容就够了。
复杂来说：
一、S3E13的剧本写得实在太烂。当然不能怪编剧，编剧也是领别人的工资，该怎么写上头说了算。所以在两集的剧情量上一改再改，改出了一集的音乐剧，剧情方面自然空洞缺乏说服力。在并不服众的前提下做一个让所有人都始料不及的改变，当然很多人会难以接受。
但是你也明白，小马是一部商业动画，制片方当然是希望能够获得更多的经济效益，这无可厚非。孩之宝能被称为“孩之婊”当然是对得起这个名号的。所以吐槽的同时最好也要保持客观、冷静的态度，予以理解。毕竟世事并不是满足了你，就一定能满足别人；满足不了你，就一定满足不了别人。萝卜白菜各有所爱，走了一批人，自然又会收获另一批人。关键是你自己能不能过你自己的这一道关。过不了也没办法，一部给人带来愉悦的动画片你在看的时候给你带来的是郁闷，那就得不偿失了。
二、是不是看了S3E13有一种大结局的感觉？对，这种感觉误导了很多人，当然他们不接受。尼玛！小马不播了？就类似当年柯南道尔写福尔摩斯的死，一堆人砸他家玻璃，逼得他只能把福尔摩斯“复活”。
而且往常都有26集，这季只有13集，根本不够看，不满的情绪自然会有，很多人就把矛头指向了TS变成天角兽这个问题上了。
但是这个质疑随着第四季的到来很快就被打消了。
三、永生说在作怪。从大二公主可以看出来，天角兽拥有很长的生命力，那么暮光闪闪和其他M5的寿命就不对等了。很多脑洞大开的人会联想到M5死去之后TS独自苟活，郁郁而终……一时间同人界创作了大量这类题材的作品，激起了很多人敏感的神经，自然无法接受。但之后更多人意识到这本身只是一部动画，根本不存在寿命的问题，这种说法渐渐就被淡忘了。
四、背离了一、二季的主题。前两季一直被死忠粉们视为真正的小马情节，对它们满满的怀念，并把这两季奉为圣典。那一帮子人成天就会说现在的小马已经不是以前的小马了，精华不再。原因劳伦走了，小马的导演就想要搞成是冒险+生活剧，在剧集中加入更多的冒险故事，丰富小马国的设定（这可以使他们卖更多的玩具）。事实上从后面几季的内容看他们也确实这么干了。
前两季的主线都很简单，就是暮光闪闪不断在与朋友的日常生活中领悟新的友谊心得，一点点成长。而友谊也正是大多数人日常生活中所缺少的，所以带入感极强。好，S3E13就彻底终结了这一条主线，当然会有很多粉丝不接受啊。
五、基于第四条的延伸。S3E13好像一条分水岭，第四季确实让我们看到了不一样的小马，对于这一季评价是很极端的，有些人认为第四季做得非常烂，而另一部分人则认为第四季做得非常好。我则认为第四季甚至超越了第二季，碍于篇幅我就不说明原因了。当然也可能是我入坑时已经在播第五季后半段了，没有那些老马迷的情怀。但也正是因为如此我才能从客观的角度去比对各季的质量。说远了……因为一部分老马迷感到剧情质量下滑，因此，在各种原因综合作用下把责任怪到暮光闪闪变成天角兽这一点上。往往这一部分人在马圈是有一定影响力的，故导致不满情绪继续蔓延。
但是事实上，我们可以从一些数据来看待这个问题。
这是2014年美国马迷做的一个调查的结果，调查的主题为“谁是你最喜欢的角色”
我们可以看到暮光闪闪高居第一，而这个时间正好是小马第四季结束期间。
但是在暮光闪闪作为绝对主角的第一季，她的人气是非常靠后的。
虽然她的人气提升也存在许多其它因素，但成为公主必然是其中最关键的一环。
类似的情况也出现在了第五季第十八集“Crusaders of the Lost Mark”当CMC获得可爱标记的时候一些老马迷也表现出了极大的抵触心理，甚至还有更极端言论是不承认这一集。但是，第五季之后CMC却收获了更多的粉丝。
ps：对于这种事，辩无可辨，也无须跟他们辩。摆正自己的心态就够了。
以上为我个人总结，仅代表个人观点。
题外话：
对于楼上某位“高人”的“高论”在这里忍不住想说几句。
小马宝莉，又名彩虹小马，全名：My Little Pony Friendship is Magic是一部美国动画，并不是国产。
2011年时代周刊年度十大 meme 评选中，“Brony（小马迷）”作为彩虹小马文化的代言人入选，名列第九。
2013年，美国年度最佳电视动画评比，小马宝莉稳居第一，得票多于第二名十倍。
小马宝莉第二季插曲“Find a Pet Song”以及“Becoming Popular”获第39届艾美奖-最佳原创歌曲提名，艾美奖为美国电视届最高奖，由此可见小马的插曲创作质量之高。
小马宝莉第四季，曾三度斩获格莱美奖的“怪人奥尔”扬科维奇友情担任“起司三明治”一角的配音，并在剧中奉献了两首脍炙人口的音乐，以及一首对唱。PS：格莱美奖在全球音乐界的地位等同于电影界的“奥斯卡奖”。
小马宝莉第五季，美第68届托尼奖-最佳音乐剧女配角奖”得主Lena Hall（琳娜·霍尔）友情担任“彩音天籁”一角的配音，并在剧中奉献了三首非常好听的歌曲。PS：托尼奖是美国话剧和音乐剧的最高奖。
小马宝莉第五季第首两集“The Cutie Map”获得2016年雨果奖最佳科幻影视短片奖提名，其剧情质量可见一斑。
并且连美国前总统比尔·克林顿都是小马的粉丝，你有什么资格说小马宝莉无聊和幼稚？