虹膜颜色会因为人种的不同而深浅不一，而在东方人一般均为深棕色，若有颜色异常必须怀疑是一些全身性的疾病；像恶性贫血、铜代谢等。 决定眼珠颜色的是虹膜组织里所含有色素的量。而虹膜就是角膜后面瞳孔外围的一层环状薄膜，而瞳孔正是这层薄膜中央的一个圆孔。在虹膜组织里，含有两种不同的棕色色素： 1．虹膜后面有一层排列得非常整齐的上皮细胞，这里的色素不仅颗粒大，颜色深，而且排列紧密，一丝一毫光线也不可能由此通过，这层色素细胞永远不变。 2．另一种色素颗粒细，颜色淡，分散在虹膜浅层及其表面，这种色素随著年龄的增长而增多，愈到年老愈丰富。而人在非常幼小的时候，虹膜前层没有色素，虹膜深处的浓密色素，经过很厚的前层组织透露出来，就变为黑色的了。人到中年以后，色素逐渐增加，虹膜的颜色也由黑转棕，到老年，你所看到的虹膜颜色，全是以后沉积在虹膜层的细碎色素。而虹膜后层又浓又密的色素，反而被这层细碎的色素所掩盖，看不见了，这种细碎的色素颜色很淡，所以老年人的虹膜就变为黄色了。 虹膜的颜色可以是褐色和蓝色，欧美人士大多拥有蓝色的，亚洲则是褐色的。原来有一对因子控制虹膜有没有颜色，（若果没有，虹膜就变成绿）另外一对因子控制虹膜的颜色。某人若是拥有两个使人有褐色虹膜的因子，那人就必然是褐色眼睛的，（因为没有使人有蓝色虹膜的因子）；某人若是拥有两个使人有蓝色虹膜的因子，那人就必然是蓝色眼睛的，（因为没有使人有褐色虹膜的因子）。问题又来了。如果某人拥有一个使人有蓝色虹膜的因子， 及一个使人有褐色虹膜的因子，那麼，由於使人有蓝色虹膜的因子是隐性，使人有褐色虹膜的因子是显性，那人都会有一双褐色的眼睛的。我们所说的眼睛颜色，是指眼珠中间部分呈现的颜色，这里覆盖了一层虹膜，含有很多色素细胞，而色素细胞中黑色素的含量决定了虹膜颜色的深浅。色素含量越高，虹膜的颜色就越深，眼珠的颜色也就越黑；色素细胞中含色素越少，虹膜的颜色就越浅，眼珠的颜色也就越淡。本来，眼睛就一种颜色，只是深浅不同而已，但是由于浅色的虹膜会映衬出下面的血管，“调色”出来的效果，令眼珠看上去呈浅蓝色或绿色，白种人就这么占了便宜。所以，不同的眼睛颜色，并不会影响视觉对色彩的认知。
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