十二生肖的起源，有很多的版本，至今也没有一个准确的说法来解释座次的排定原则。我个人认为，十二生肖中除了龙以外，都是与人们生活息息相关的动物，尤其是以家畜、家禽为主；但“龙”作为中华民族的象征，在历史上有着相当崇高的地位，尤其是在封建社会里，它代表着尊贵、权力……“凤”也是吉祥动物之一，在中国民间也有着重要的‘位置’，可能与龙比较还不是一个层次。再一个可能就是象楼上朋友说的那样——封建社会里，女性是没有什么地位的，因此十二生肖里没有凤也就顺理成章了。但是如果有十三生肖的话，我想凤可能会有一席之地的。
参考资料：个人观点，供参考。