1.介水性的传染病
介水性传染病是通过饮用或接触受病原体污染的水而传播的疾病，又称水性传染病.其中通过饮用水途径传播的，主要为介水性肠道传染病，其主要原因是水源水受到病原体污染后，没有得到有效的消毒处理、饮水设备或输配管道被污染，被消费者饮用后，引发大面积的疾病暴发。通常地面水和井水比较容易发生。介水性的传染病一旦暴发，危害较大，短期内出现大量的患者。多数的患者发病日期集中并在同一潜伏期内，可呈现暴发流行。
鉴于介水传染病对民众健康的危害，我国以法律形式强制保障防治介水传染病的实施。现行的《
中华人民共和国传染病防治法》第三条规定：传染病分为37种，其中介水传染病有8种，即甲类传染病中的
霍乱;乙类传染病中的病毒性肝炎(其中
甲型肝炎、戊型肝炎为介水传染病)、
脊髓灰质炎、细菌性和阿米巴性痢疾、
伤寒和副伤寒、钩端螺旋体病、血吸虫病;丙类传染病中的感染性腹泻病。上述8种法定介水传染病中，钩端螺旋体病和血吸虫病主要通过皮肤接触含病原体的水而被感染;其他6种介水传染病主要经口摄入含病原体的水而被感染。
2.化学污染引起的疾病和危害
随着全球经济的飞速发展，水中化学污染日益突出。据WHO资料，现查明全世界水体中已查出222 1种化学物质，其中饮用水中有害的有机污染物765种。这些化学物质在水中残留时间长，多数不易被降解。可直接对人体产生毒害作用，高浓度短时间作用于人体可产生急性毒性作用;低浓度长时间作用于人体可产生慢性毒性作用，甚至引起公害病。
当今社会人们最熟悉的不治之症就是
癌症。说起癌症，难免有“谈癌色变”之感。但把饮水与癌症相提并论，震惊之余又平添了几分疑惑与忧虑。现代科学已经有力地证明，饮水与癌症发病率之间的确存在着某些因果关系。WHO调查表明，目前从饮用水中检出的765种有害有机物中，确认致癌物20种，可疑致癌物23种，致突变物56种，促癌剂1 8种。其中一些化学污染物还是环境内分泌干扰物，它能改变人机体内分泌功能，并对机体及其后代引 起有害效应。人群
流行病学调查表明，环境内分泌干扰物能引起人类的生殖障碍、发育异常及某些癌症，如
乳腺癌、睾丸癌、
卵巢癌，并引起男性精子数下降，孕妇早产，增加新生儿出生缺陷的风险。
某些有致癌作用的化学物质，如砷、铬、镍、铍、苯胺及其他
芳烃、氯代烃、氯代芳烃污染水体后，可以在悬浮物、底泥和水生物体内蓄积起来。人若长期饮用含有这类物质的水或者食用体内蓄积有这类物质的生物就很容易诱发癌症。
3.生物地球化学特征引起的水性地方病
由于某一区域自然界的水和土壤中某种
化学元素过多或过少，使当地动物和人群中发生特有的疾病，称为生物地球化学性疾病(又称“地方病”)。这些化学元素在人体内含量虽然很少，却是人体中激素、酶和维生素的组成成分或是人体组织和器官不可缺少的成分，因此，过多或过少，均可引起疾病。
我国常见的与饮用水有关生物地球化学性疾病为：地方性氟中毒、地方性砷中毒和地方性甲状腺肿。
(1)地方性氟中毒：地方性氟中毒是人体从水、食物、空气中摄人过量的氟而引起的一种慢性全身性疾病，主要表现为氟斑牙和氟骨症。虽然摄人人体的氟来源较多，但由于水中氟化物具有易溶性，吸收率可达90%以上，因此是体内氟化物的主要来源。我国地方性氟病主要属饮水型，氟骨症的患病率与饮水中的氟含量呈正相关。地方性氟中毒遍及我国28个省、自治区、直辖市(上海市除外)，病区人口总数达8561万。
(2)地方性砷中毒：地方性砷中毒是由于饮用含砷量高的水而引起的一种地方病。主要表现为末梢神经炎，皮肤色素沉着，手掌和脚掌皮肤高度角化，严重者可致皮肤癌。
(3)地方性甲状腺肿：地方性甲状腺肿的主要发病原因是水和土壤中缺乏碘。该病的主要临床特征是甲状腺肿大，严重流行地区儿童可发生地方性克汀病，病人痴呆、矮小，聋哑，智力低下。病区的土壤、饮用水、食品中碘的含量普遍偏低。饮水中碘含量越低，该病发病率越高，饮水中碘含量低于10.0ug/L时，就有可能发生地方性甲状腺肿;含量低于2ug/L时，居民中甲状腺肿患者可达50%，饮水中碘含量高时该病患病率较低。但当饮水中碘含量过高(大于90 ug/L)时，甲状腺肿患病率反而升高。说明摄人过多的碘可能导致抑制甲状腺素的生成和释放。
4.藻类毒素
藻类中的藻毒素对水质的污染，藻类污染俗称“水华”，是指内陆水域一些浮游生物(如
蓝藻等)的暴发繁殖引起的水色异常现象，淡水中的“水华”与海洋中的“
赤潮”并称为水环境污染的两大灾害。
消毒效果最好的是臭氧和氯，可有效灭活微囊藻毒素。