我为大家推荐一些。
手冢治虫的科幻三部曲是《遗失的世界》、《大都会》与《未来世界》。作为日本科幻史早期的先锋性作品，不能算是他非常优秀的作品。因此重点介绍那些科幻史上有影响力的优秀作品：
1.《铁壁阿童木》（《原子小金刚》）——开天辟地的机器人科幻始祖
2.《三眼神童》——科学兴趣爱好普及与原始文明珠联璧合的黑高科技科幻，写乐与和登的成人版本是庵野秀明的《蓝宝石之迷》，真的假的！？
3.《火鸟》——火鸟就是所有日式科幻片贯彻始终的神灵大人的始祖鸟。本作品系列中有中国大陆优秀演员江青同志友情出演哦~可惜她没有出演在天安门前有大屠杀场面的漫画《巨人娃娃》，我说的当然是文化x革命
4.《大都会》——这并不是德国科幻神作《大都会》（我最尊敬的科幻作品，还是软的XD）的翻版。只是同名。本作的动画改编版不讨喜地保留了原始的人物设定，但太不符合现代人的审美观了，略遗憾。其实日本人很尊重原著的有没有？有多少神作都是毁在了原著作者与时代脱节的审美品味上了。。。
5.其他略猎奇向的科幻作品，如MW（= = 大神的重口味耽美作品）
日本ACG中的大部分科幻题材还是比较主流的，只有小说和漫画口味可以比较重。具有代表性的作品的话，如下：
星际牛仔 (豆瓣) 首推cowboy beeop, 科幻西部片中的代表作，音乐加成太多
银河英雄传说 (豆瓣) 民主对专制国家的星际大战，杨威利杨提督千古
夏娃的时间 (豆瓣) 比较冷门的中规中矩的致力于道德伦理探讨的作品，没有chobits有萌点
十二国记 (豆瓣) 一旦你接受了这种穿越剧的设定，反帝制的乌托邦也算民族志的软科幻了
王立宇宙军：欧尼亚米斯之翼 (豆瓣) 日本有史以来最惨烈的亏本科幻大作，细节考据帝表示1080P一本满足。请千万不要拿《宇宙兄弟》来与本作品作比较，谢谢；请千万不要吐槽人设与音乐，没错，贞本义行与板本龙一也有当年；请千万不要看走眼看成王力军缩写，查水表的谢谢你！
亡念之扎姆德 (豆瓣) 日本的神道与机器人（生化人？外星人？异形？）战争设定结合的标准日式机战科幻片
四畳半神话大系 (豆瓣) 我心目中的日式科幻神作，也算日常平行世界科幻的标配：以日常生活的渗透来科幻哲学至上主义。个人觉得比《命运石之门》有趣得多
东之伊甸 (豆瓣) 神山健治逃离《攻壳》与士郎正宗的压抑后野马狂奔脱缰而去的自导自编野心膨胀的原创动画（其实是手机广告，小声地说）。不过一看到羽海野千花的人设就知道这部剧里没有坏人。。。
红辣椒 (豆瓣) 今敏的一如既往风格鲜明、氛围吊诡的科幻作品，又名《盗梦侦探》。《盗梦空间》是否有抄袭（或借鉴）还有待考据。
钓球 (豆瓣) 日本的神仙自称是外星人到来拯救地球了，色调明亮的小清新
《一拳超人》（漫画），“反对一切过去主题老梗”的新梗诞生！日式恶搞科幻经典，大片既视感十分强烈！同样闻名的还有画风比较让人崩溃的《超能力者齐木楠雄的灾难》。
——我其实好想问《数码宝贝》在广大国人眼中算不算“科幻”作品？
凡是看过《夏日大作战》的观众一定会毫不犹豫地说：这就是一部科幻片，没有错！那么《数码宝贝》呢？奇幻作品？《数码宝贝》不就是把《神奇宝贝》数字化了如果前者算的话皮卡丘都是科幻作品了吧！怎么可能算？
恩，顺便说一句，《夏日大作战》的原型就是数码宝贝大电影：我们的战争游戏 (豆瓣) 。
- 至于日本科幻动漫在世界科幻影视中的地位，自己了解的不太多，只能推荐一下自己看过的经典日本科幻动画了。
一、河森正治《超时空要塞》，这大概是自己看的第一部科幻类动漫，幼小的心灵被林明美的歌神征服呀，机器人什么的完全没有美丽的姑娘有吸引力呀(^_^)。现在看来，所谓优美的歌声给予敌人以文化冲击并感化敌人化解异种文化间的冲突这样的剧情设置在世界科幻类作品当中较为常见，其着眼点并非技术发展对人类产生的影响，更多是人与人之间的关系。
二、大友克洋《回忆三部曲》、《阿基拉》，他的作品看的不多，昨晚才把《回忆三部曲》看过，这部作品并没有特别统一的主题，科幻类容其实较少，如《最臭武器》以荒诞讽刺的手法对政府行为的讽刺，《大炮街》中对集权社会对人性异化的讽刺等等。
三、今敏《红辣椒》，在看过《盗梦空间》后才了解到日本有这样一个动漫作品，据说盗梦与这部作品有一定联系，同样有关于梦境与现实关系的讨论。
四、押井守《攻壳机动队》系列，作为日本科幻动漫的巅峰作品，直接启发了《黑客帝国》系列电影，对科技发展对人的异化问题展开了深入的探讨，特别是缸中之脑问题的讨论、机器人与人之间的伦理问题的讨论令人印象深刻。同时其迷幻颓废的画风、对经典文学作品恰到好处的引用和配乐中直击人心的荒凉感让我无比喜爱。
五、宫崎骏《天空之城》、《风之谷》，应该属于软科幻吧，所以不多说了。
六、最后我们的庵野秀明大神和他的《EVA》系列，爱的都不知道说什么好了~~这部作品拥有全宇宙最帅的机器人、动漫史上最迷人并开创动漫新人物类型的女神和人类自身严肃的思考（好吧，其实就是在讽刺额们这些宅男）。小时候看的是超帅的机器人和美丽的姑娘，大了看的是其中表现出的人的脆弱、人与人之间的隔阂和人为了相互靠近一点点作出的努力和挣扎。作品中丰富的设定，与高科技、宗教、心理学等领域的联系和大量可供解读的内容只是我们面前的团团迷雾，我们最终要面对的是我们自己的内心，我想这也是庵野秀明最迷人的地方。