当水体被有机污染物污染后，由于有机物消耗大量
溶解氧而使水中溶解氧降低，危及鱼类生存。有毒的难以降解的有机物可直接对鱼类等产生毒性，或在鱼体中积累，有的毒物在鱼体内浓缩的倍数能达到几百万倍。
当水体被酚污染后即使浓度很低，鱼肉就有酚臭味而影响食用，当浓度高时，鱼类就大量死亡。
油类污染物进入水体后能在水面形成一层薄膜，这层油膜能妨碍空气中的氧气进入水中，从而使水中缺氧，鱼类等水生生物会因此而窒息死亡。另外油类污染物中许多有机物能使鱼类产生异味而影响食用。
（2）重金属污染物重金属污染物如汞、镉、铬、铅等在水体中能影响鱼类等水生生物的生理和生活特性。当浓度高时能使鱼类死亡或逃避。长期生活在重金属污染物水中的鱼，体中重金属的含量会富集十几万倍以上从而影响食用或造成中毒。
（3）植物营养物含有氮、磷等植物营养物的水体若引起水体富营养化则会使藻类等
浮游生物大量增殖，从而大量消耗水中的溶解氧，而造成鱼等死亡。当水体发生富营养化时，水面上往往出现大片“
水华”。