在第43集《江户川柯南诱拐事件》、博士告诉了新一的父母工藤优作和工藤有希子。但也仅限于几个人知道了柯南的真实身份。
第60集《福尔摩斯迷杀人事件（后篇）》。柯南使用迷醉针迷晕服部平次之后，使用变声器模仿服部平次的声音进行推理，但是进行到一半服部平次就醒来了。暴露后，柯南不肯承认自己就是工藤新一，但是服部平次威胁要告诉小兰，柯南不得不承认了自己的身份就是工藤新一。
第998、第999集“寻找玛利亚”上、下集。柯南因为想要和小兰一起去高中休学旅行不得不恢复回来，结果在那里遇到了命案不小心被媒体拍了他本人进到画面，加上后面又有个粉丝直接在微博上发声自己看到了工藤新一。
《名侦探柯南》剧情简介。
《名侦探柯南》是日本漫画家青山刚昌笔下的著名推理漫画作品。描述高中生侦探工藤新一被黑暗组织灌下药物导致身体缩小后，试图调查该组织以及破获其他各种案件的故事。原作漫画从1994年6月开始在《周刊少年Sunday》连载，之后被改编为各种系列的衍生作品，主要包括TMS娱乐制作的电视动画、剧场版、OVA、漫画特别篇，和真人电视剧。改编动画于1996年播出即大获好评，无论是情节还是案件，都得到评论家们的一致赞誉。至今已成为日本国民级长寿动漫。
2001年，原作漫画获得第46届“小学馆漫画赏（少年向）”。2009年，实现跨作品合作，制播电视动画特别篇《鲁邦三世VS名侦探柯南》。自2014年起，为庆祝原作漫画连载20周年与相关剧场版的上映，于日本、台北、上海等地陆续举办各式展览。此外，为了纪念作者出身于鸟取县，除了当地的机场、车站以名侦探柯南为名之外，在许多公共场所也设有主配角们的雕像。
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑现场。只顾偷看的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了。
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织，他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南开始大显身手
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