上海最好的考研大学是上海交通大学和复旦大学。
上海交通大学是中国顶尖的大学之一，其研究生教育在国内外都有很高的声誉。该大学拥有多个国家级重点实验室和研究中心，科研实力强大。其工科、理科、医学、经济管理等多个学科领域都处于国内领先地位。因此，对于想要在这些领域深造的学生来说，上海交通大学是一个非常好的选择。
复旦大学在考研方面也有着很高的竞争力。作为一所综合性大学，复旦大学在人文社会科学、自然科学、工程技术和医学等领域都有很强的实力。该校的商学院、法学院、新闻学院等多个学科领域都非常出色，吸引了大量的考研学子。复旦大学的研究生教育注重培养学生的研究能力和创新精神，为学术研究和职业发展打下坚实的基础。
这两所大学都有着优秀的师资力量和完善的研究生培养体系，能够提供高质量的研究生教育。此外，上海作为中国的经济、金融、贸易中心，也为研究生提供了丰富的实践机会和就业前景。
综上，上海交通大学和复旦大学都是上海地区考研的优选学校，两所大学在不同领域都有着出色的表现。考生可以根据自己的兴趣和专业背景选择合适的学校进行报考。