上海海关学院的院系设置丰富多样，包括五个主要的教学系（部）：海关管理系、海关经济系、海关法律系、海关外语系和基础教学部。这些系部涵盖了管理学、经济学、法学和文学等多个学科门类，设有本科专业6个和专科专业4个。其中，法学和税务专业是教育部的重点特色专业建设点。
学院致力于培养既符合海关事业发展需求的复合型人才，也满足社会对经贸、物流和报关专业人才的需求。除了常规教学，学院还进行海关理论研究和国际交流，同时承担海关系统中高级干部的继续教育和业务培训任务。学院也逐渐承担起亚太区域海关人员的培训工作，履行国际义务。
海关管理系成立于2006年，下设公共管理、海关管理、海关技术和物流管理教研室，现有海关管理、行政管理和物流管理三个本科专业。该系师资力量雄厚，共有28名教职员工，其中高级职称教师12人，包括3名教授和9名副教授，博士学历教师占比超过半数。目前，该系正在进行多项国家级和省部级研究项目。
海关法律系于1997年成立，由原专业部重组而成。2005年，管理专业调整归属海关法律系，同时新增了海关国际法律条约与公约专业。2006年，海关管理系的管理教研室和学生独立管理，而海关法律系则负责法学、法律事务和海关国际法律条约与公约三个专业的教学工作，师资力量包括2名教授、5名副教授和多位讲师。
外语系负责英语公共基础课和外语专业教学，拥有4个教研室，师资队伍中高级职称教师占比25%，硕士以上学历教师占比高达80%。这体现了学院对教学质量的重视和对国际化教育的追求。
上海海关学院（Shanghai Customs College）直属于中华人民共和国海关总署，为全国唯一一所系统设置海关学科课程和专业的本科院校。1953年上海海关学校设立；1980年经国务院批准，升格为上海海关专科学校；1996年更名为上海海关高等专科学校。 2007年3月，教育部批准在上海海关高等专科学校的基础上升格为上海海关学院。