学院前身可追溯到1924年成立的潮州产科传习所。历经汕头市产科学校、汕头市立高级助产职业学校、汕头市立高级助产技术学校、汕头市卫生技术学校、广东省第七卫生学校、汕头卫生学校、汕头医学专科学校等数度更名、重组;1983年9月经国务院批准，并入汕头大学，升格为汕头大学医学院;1990年8月开始招收硕士研究生;1998年6月获博士学位授权点;2001年4月设立博士后科研流动站;2010年成为中国第一所招收欧美国家本科起点留学生的医学院校;2014年，列入北京协和医院选拔优秀临床实习生重点高校。
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汕头大学医学院共承担各类基金项目1269项，总经费1.66亿(含广东省高水平重点学科建设项目1项，3000万元)，其中973项目课题2项，国家自然科学基金(广东联合基金)重点项目7项，广东省自然科学基金研究团队项目2项，广东省自然科学基金杰出青年基金项目1项。有1101篇论文被SCI收录，篇均影响因子3.2。
2013年，由汕头大学医学院国际感染与免疫研究所管轶教授率领的国际研究团队相继在国际顶级杂志《Nature》和《Science》发表相关论文，报导H7N9病毒的感染、传播和致病性，2015年该团队又以汕大医学院为并列第一作者再次在《Nature》上发表相关论文，在流感病毒研究方面屡创佳绩，至此该团队已在这两个杂志发表论文5篇。共有65项科技成果获得教育部、省、市科学技术奖，包括获得教育部高等学校科学研究优秀成果奖(科学技术)自然科学奖一、二等奖各1项。