99问答网
所有问题
当前搜索:
空间转录本
空间转录
组第四讲:最详细的10x空间转录组summary网页报告解读
答:
Mean Reads per Spot***: 每个spot的平均reads数, 10x这里采用的是所以测序reads总是除以组织上检测到的spot数(跟单细胞的统计方法是一样的) ,理论上来说这样统计是不合理的,因为总的reads包括没有比对上的reads、没有mapping到
转录本
上的reads、组织区域以外的spot上的reads,所以是 不能真实的...
【文献解读】cell-
空间转录
组和原位测序研究阿尔茨海默病
答:
全基因组
空间转录
组分析提供了一个前所未有的方法,以解开在AD和其他脑疾病的致病特征附近的失调的细胞网络。(A)在3、6、12和18个月大时收集AppNL-G-F和WT大脑的10毫米冠状切片。中间切片行ST,相邻两个切片行免疫染色。(B)每个脑区TDs的总数。(C和D) 10327个转录组谱的t-SNE图。TDs按脑区(...
Nature综述:单细胞和
空间转录
组的数据整合
答:
第二类方法映射 ,是对探针得出的某部分组织的
转录本
数据(HPRI),根据和单细胞数据进行共聚类或最近邻回归,得到某个区域中最可能的细胞类型或不同细胞类型的概率饼图,该类方法包括pciSeq,Harmony,LIGER,Seurat等。映射法整合
空间转录
和单细胞的方法示意图 逆转录和映射这两种方法之间,并不存在清晰...
10X
空间转录
组之利用基因表达和形态学信息划分组织区域(3D表达域构建...
答:
例如, BayesSpace( 大家可以参考文章 10X
空间转录
组聚类分析之BayesSpace算法聚类 ) 是一种贝叶斯统计方法, 它通过在先验中引入空间相邻结构来鼓励相邻点属于同一cluster。 stLearn ( 大家可以参考文章 10X空间转录组细胞通讯之stlearn(寻找区域交流热点中心) )根据从组织学图像中提取的特征定义形态学距离, 并利用这些距...
10X单细胞
空间
联合分析方法汇总及算法总结
答:
DestVI 同样假设观察到的
转录本
的数量遵循负二项分布。 stLVM 使用由 scLVM 训练的解码器神经网络,并使用最大后验 (MAP) 推理方案获得细胞类型比例,其中假设每个点中观察到的转录本的数量遵循推断的单细胞的加权和负二项分布。RCTD 最初是为 Slide-seq 数据设计的,但它也可以用于其他 ST 数据。
RNA-seq
转录
组名词解释基础
答:
19.
空间转录
组学, Spatialomics, 一种转录组分析方法,它能保留一个样本中每个
转录本
的 空间信息,例如一个组织的不同区域。20. 初始RNA ,Nascent RNA,刚开始被转录的RNA,这些RNA与那些已经被处理后,输送到细胞质的RNA不同。21. 4-硫尿核苷, 4-Thiouridine, 4 sU,含有一个硫原子的...
分析差异基因是用
转录本
表达量吗
答:
是。“基因表达量计算和差异表达分析”,两项分析是转录组数据分析的基础,因此,分析差异基因是用
转录本
表达量。差异基因是指一个基因在RNA水平处在不同环境压力、时间、
空间
等方面下,表达有显著性差异的基因。
风很大的10x genomics到底能发怎样的文章?
答:
因此,并非必须要有参考基因,只要有质量足够好的参考
转录本
就可以了。下来,我们重点剖析下10X RNA-seq和ST-seq的应用需求。 2. 10X RNA-seq/ST-seq可以检测哪些类型的RNA 从上文介绍,我们可以知道10X RNA-seq和ST-seq(
空间转录
组)依赖于围绕ployA结构开展扩增。那么我们分析一下10X RNA-seq/ST-seq可以检测...
RNA sequencing: the teenage years
答:
现在的 10X
空间转录
组 和 Slide-Seq 都是用的barcoding来标记RNA,从而记录空间信息。不过,现在的空间转录组很多分辨率并没有达到单细胞的水平,这也是一个比较麻烦的地方。 In situ transcriptomics用的是另一种思路,即单分子荧光原位杂交。这种方法尽管只能检测少量
转录本
,但其的确可以直接检测RNA,提供组织信息以及微...
测
转录
组只能有一个物种kegg分析物种吗
答:
转录
组是指某个物种或特定细胞在某一生理功能状态下,细胞内所有转录的mRNA产物的集合,包含了时间和
空间
的限定,是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带。转录水平的调控是目前研究最多的,也是生物体最重要的调控方式。应用高通量技术进行转录组测序是一种快捷可靠的获取转录组信息的方法。mR...
1
2
涓嬩竴椤
其他人还搜
转录与逆转录
基本转录
转录本
空间登录
转录是以
转录的起始
转录3个特点
转录特点
RNA的转录