大明朝的卫所兵制是明太祖朱元璋一手创立的，这种军队模式是在继承北魏、隋唐时期府兵制的基础上制定的，这种军队制度一方面消除了其他朝代军队中的后勤压力，做到了自己自足，另一方面，降低了财政压力。但是由于政治的腐化，这一制度也随之衰败了。
首先，传统的换班制度和军队所承担的劳役过重，导致军队中弊病横生，在调换军队时，常常会出现士兵逃跑的状况，渐渐的卫所中的士兵数量越来越少，战斗力自然也就受到影响。
其次，明朝中期，由于经济发展的落后财政出现了危机，军队将领对所得俸禄的减少有所不满，于是便开始大量克扣士兵军饷。在这种条件下，士兵们为了生存下去，也只能逃跑。
最后，军队中纪律的日益败坏和朝堂中的宦官专权也是卫所兵制衰败的原因，宦官专权对军队也产生了很多不利的影响，正统十四年的“土木堡之变”，就是宦官王振一手造成的。在这些原因的影响下，盛极一时的卫所兵制最终衰败。
一、制度的腐化
（一）“班军轮戍”制度
这个制度形成于明朝永乐年间，主要内容是军队要实施轮番更替、分组、分期进行管理的方法，各卫所的军队需要轮番进入京城操练，保卫京师。
随着时间的推移，这种制度渐渐出现了问题。京师以外的军队需要调到北京等待皇帝的检视。永乐二十二年末，河南、山东、山西、大宁的士兵及将领，每年都共要选拔16万人以上进入京师。早期军队到京师主要是进行操练，但到了后期，常常被用来修建造京城设施。
嘉靖四十三年，规定凡是有地方军队不到京师的，军队将领的俸禄将被扣光，严重的人甚至要会被罢免。进入京师的士兵被要求不得返回原地。这样一来就造成了这些中原地区兵力空虚。
这个制度本来是为了练兵防御，但是到了明朝中后期，除了一部分军队在地方边境担任防御工作以外，大部分班军都被用作劳役，有些甚至被宦官占领为自己的军队。
在地方上留下的少部分将领也大多贪污残暴，奴役百姓。在这种情况下，军队的作战能力逐渐降低，在倭寇来临时无法应对。
（二）“公私”双重占役
除了国家的劳役以外，皇亲国戚和地方大臣还滥用权力，私役军士。这种情况在朱元璋时期就有了，随着“班师入京”政策的实施，这种情况越来越严重。
首先，京城中的皇亲国戚私自占用军队，“班军轮戍”制度初期，每年进入京城的军队平均有七八万人左右，一开始这些人都在府衙内练兵，但渐渐的军队中的士兵被拨去修建国家建筑，甚至是皇亲国戚的私人宅院，有的建筑两三年都修建不完，这些士兵便一直在修建。长时间的重体力劳动让很多士兵不堪其扰，纷纷逃亡，最后留下的士兵不足四万。
正德年间，宦官刘瑾专权。丈量屯田时利用权力作弊，来扩大自己的土地，这些田地是由士兵们耕种的，他这样做自然就加重了士兵们的负担，激化了军队士兵酝酿已久的愤怒，于是士兵郭成、高珍等人发动了兵变，虽然这二人被斩首，但是起义的风气却没有被镇压下去，之后又辽宁、广西、抚顺地区又相继爆发了大型兵变，最后朝廷为了维护中央安全，只好发放赏银平息民愤。
其次，地方军队长官也常常占用军役，洪武年间很多地方官员都会私下奴役军士，让他们为自己耕种田地，开窑，贩运私盐等。这一现象成了一种政治风气，这对军事来说是极其不利的，在高度的劳动下很多士兵纷纷逃跑，军队中只留下了那些无法逃跑的老弱病残。
（三）“南北调操”
明朝时期，为了避免发生地方叛乱，同时为了使军队适应全国各地的地理环境，提高军队战斗力，明朝实施“南北调操”的治军方法。
这种方法可以说是有着很大的弊端，杨士奇在著作《清军》中，就分析过这种治军方法的消极之处，当时陕西、山西、山东、河北等北方士兵，常常被调往浙江、湖广地区，因为不适应这里的气候，士兵们常常会中暑生病，而南方的士兵调往北方，也常常会因为不适应严寒气候导致死亡。
当时的封建农业社会讲究“安土重迁”，远离家乡除了会对士兵们心理造成影响外，也会发生水土不服的生理问题。
因为“南北调操”所引起的高死亡率让很多士兵对此产生了畏惧，于是在调拨途中很多士兵选择逃亡。这种消极的治军方法，最终是军队空虚，加快了卫所制的衰败。
二、军队的破坏
（一）宦官干预军队
明太祖时期曾严格禁止宦官干预军队事务，但是到了永乐年间，统治者亲近宦官，赋予了宦官极大的权利。自此，军队受到了宦官政治的影响。
明朝时最早的“中官典兵”开始于郑和，但是他并没有做破坏军队纪律的事情，到了明英宗时期，宦官王振在军队里作威作福，正统十四年，王振跟随明英宗亲征，当时很多大臣纷纷上奏阻止，但是明英宗不予理会。在行军时，王振干扰军务，提议从紫荆关过，这个提议导致了“土木堡之变”。最终，王振被乱兵所杀，自此之后京师三大营的军队覆没殆尽 。
宦官王振死后这种现象依然没有消失，正德年间，宦官刘瑾等人专宠，败坏军制，在《明史》中曾经有记载“边将失律，贿入，既不问，有反升擢者。”可见他对军队的影响力极大。
万历年间的宦官高准曾经与陈奉滥用军役在辽东地区采矿征税，并且还常常与驻守在外的将领争夺功劳，克扣军队粮饷。官员对此也进行过反抗，当时云南地区发生兵变宦官杨荣被杀。宦官杨荣常常上奏污蔑弹劾地方官员，云南指挥使樊高明，因为他的污蔑被杀，指挥使贺瑞凤被他以“求马不获”的名义关入大牢。在这种压迫下指挥使贺世勋，韩光等人率领民众将杨荣一党扫除。在这些宦官的专权乱政下，明朝的军队纪法被摧毁殆尽。
（二）军纪破坏严重
在《明史》中记载，辽东提督王翱在倭寇扰乱边境时，没有带领将领前去抵御，于是朝廷便以失职罪处罚他，命令士兵将他押去斩首，但是军队中却没有人敢上前。可见，当时的地方将领在军队中的影响力极大。
嘉靖到正德年间，军队中常常会出现肆意杀人的现象，尤其是边疆一带。当时的朝廷也曾想过改变这种局面，但是军队里早已积重难返，即使经过了李邦华等人的整顿，但是依然没有改变明代的卫所军伍制度衰败的结局。
（三） 克扣军饷
卫所制度渐渐被破坏的同时，募兵制随之兴起，到了嘉靖后期，募兵制普遍盛行起来，这大大冲击了卫所制度。同时，由于经济的发展，地方将领对于自己的待遇心生不满，加大了对于军饷的克扣力度。
明朝初期实行屯田制，卫所的军饷除了要供给军队之外，还要发放给地方官员做俸禄。正德年间，随着人口的增长，屯田制被破坏，粮饷严重不足，于是政府便折以银两发放给士兵们，但是由于将领的克扣，
发放到士兵手中的银两严重不足，在过去每月可以得到六斗米俸禄的士兵在现在得到的银两却只够买四斗，在这种情况下很多士兵便逃离军籍，改作他业。
在这些原因的交融下，卫所制度最终衰落，而这些弊端的发生和恶化，都是源自明政府统治下政治腐化的加深，在这种情况下，统治阶级的贪欲逐渐失去约束。