小肥羊自1999年的8月创立后，“不蘸小料涮羊肉”的特色食法得到了消费者的广泛青睐，并迅速开始了连锁经营之路。从2000年开始，由于小肥羊这一特色美食为越来越多的人群所认可，很多商家由此捕捉到商机 纷纷开始加盟小肥羊，并出现了一股加盟热潮。
由于前期加盟者众多，加之为了迅速占领全国市场，在自己的实力还未达到的情况下，小肥羊公司把加盟政策定为“以加盟为主，重点直营”，在全国各地设立了省、市、县级总代理及单独加盟店。这一政策的出台，为小肥羊公司早期的快速发展起到了积极作用，不仅满足了市场、加盟者、消费者三方面的需求，也创造了良好的品牌效益，使小肥羊足迹在短短的两三年时间里遍布全国各地，一举打响了知名度。
“以加盟为主，重点直营”的经营政策为公司起步之初的快速发展带来了好处，同时也产生了许多弊端。重点体现在加盟者素质、服务以及管理质量参差不齐，从而损害了消费者的利益。而且由于这时期“小肥羊”还不是注册商标，缺少有力打假维权的武器，致使假冒者横行，也严重的伤害了小肥羊品牌的美誉度，使公司进一步的发展受到制约。 基于上述情况，从2002年底开始，公司采取了一系列措施以扭转加盟市场的混乱局面。核心是调整加盟政策，由原来的“以加盟为主，重点直营”变为“以直营为主，规范加盟”。具体措施是：
首先，成立加盟中心，负责与加盟商的接洽、管理以及服务。加盟中心成立以后几乎走遍了全国，对散落在各地的六百多家加盟店进行了全面深入的调查，为下一步取缔和整顿加盟店面提供了依据。其次，2003年初在加盟中心调查的基础上，董事会做出暂停加盟业务的决定，此后很长一段时间内公司几乎没有新增加盟店。与此同时公司分阶段、有重点的对加盟市场进行了一系列的规范和整顿。从2003年至2007年几年间，公司对加盟市场进行了大规模的治理整顿，其重点主要体现在以下几个字上：第一个字是“关”。就是坚决取缔在清查中发现的不合格店面，以维护小肥羊品牌形象不受伤害；第二个字是“延”。就是对虽然经营情况较差，但是能积极配合公司进行整改的店面予以保留，限期整改；第三个字是“收”。一方面，对在查中发现的一批经营有序，盈利能力强的店面进行收购，纳入公司直营店的规范管理体系中。另一方面，逐步收回各级到期总代理的代理权，并且不再续签合约；第四个字是“合”。就是与好的加盟商、代理商以参股、控股等方式合作。这一阶段典型案例是与原甘肃总代理合作，将其收编为总部下属的分公司，共同开发西部市场。
经过几年来不间断的清理、调整和规范，现在小肥羊公司的连锁店数量已由最高峰时期721家减少到360家。其中，取缔了到期总代理以后随之关闭的不合格店面有218家（河南72家、山东38家、甘肃24家、陕西39家、青海2家，东北三省43家）；因不能维护公司形象、信誉而被取缔的加盟店36家；因违规经营而被取缔的店面有19家；因超期经营被取缔的店面有40家；因重大投诉而被取缔的店面有21家；经营不善自行关闭店面有53家；因不可抗力而关闭店面8家。 2003年——2007年4月，小肥羊加盟市场经过坚持不懈地清理和规范，已经得到了有效的净化。因此从2007年5月起，为了满足市场需求和加盟者要求加盟的呼声，小肥羊公司重新有规划的开设高质量加盟店面，进入“不惟数量重质量”的发展阶段——国内市场：一、二线城市以直营为主，二、三线城市以加盟为主，形成相互补充、相互促进的格局，且不再设任何形式的总代理；国际市场：鉴于国际加盟呼声比较高，因此针对国际市场实际情况，会在开设直营店并取得充足经验的基础上，适度开设加盟店。其形式灵活掌握，既可以设置必要的总代理，也可以设置个体加盟店，以全面打开国际市场。
新的加盟政策提高了对加盟者的要求，也提高了对加盟者的服务。最终目的是提高加盟店面经营的标准化使之高水平运营，以达到消费者、加盟者、公司的三方共赢。
截至到2011年12月，公司拥有469家连锁店，其中包括163间自营餐厅及272间特许经营餐厅，并在美国、加拿大、日本、港澳等地拥有20多间餐厅。是家喻户晓的中国餐饮连锁品牌。
小肥羊的垂直整合业务模式极具拓展性，业务包括羊肉加工、火锅汤料生产，餐厅经营以及食品分销批发。
从“中餐百强企业”、“中国企业500强”再到新加坡特许经营与授权组织（FLA）授予的“年度国际特许经营大奖”、“25大典范品牌”……小肥羊用十年的耕耘，取得了令人欣慰的成就，也为中餐标准化、品牌化、国际化探索树立了典型。
