此时的清廷，面临着诸多问题，而且都是历代王朝所没有经历过的屈辱和悲怆，痛定思痛之后，改革成为了唯一的出路。
此时，慈禧太后号称“引退”，但她仍然以尊亲的名义控制着这个满目疮痍的国家，她才是主宰。
面对天下苍生的是年轻的光绪皇帝，然而他只是个傀儡。
1898年初，得到翁同龢推荐、光绪帝认可的康有为再次上书请求变法，朝廷决定接纳意见，实施变法。
与同治帝从咸丰帝手上继承王位不同，光绪帝是慈禧安排下的王位继承人，作为母后和摄政人，慈禧掌控着朝廷的一切。
光绪继位后并没有像前任一样改组军机处，他也没法更改。军机大臣全是慈禧亲信。
即使慈禧引退时期，军机大臣的人选仍然由慈禧掌控。礼亲王世铎、刚毅、钱应溥、王文韶都是慈禧的亲信，只有翁同龢是光绪帝的人，即使是翁同龢也是在慈禧的认同下才升任军机大臣。
光绪帝对改革充满着期待，在两位老师翁同龢和孙家鼐的影响和推荐下，开始学习变法维新思想，但是光绪涉猎的范围很快就超出了两位老师的界限，对此两位老师非常担心，最后在慈禧的干预下，明令禁止光绪了解和学习这些内容。
帝后之间的争夺体现在不同的官员的表现之中，但有讽刺意味的是站在光绪帝一边的重臣翁同龢、文廷式对于维新变法实质懂得的太少，反而站在慈禧一边的李鸿章、荣禄却是变法维新的拥护派。
翁同龢身为帝师，绝对是亲帝一系，但他从未反对过慈禧的任何要求。在当时的情况下，也不允许他这么做，于是他退而求其次，将矛头指向了李鸿章，这是权力和尊严对翁同龢的要求。
甲午战败之后，翁同龢成为了维新的拥护者，但他的维新与康有为的理念存在着根本不同，康有为提倡激进的变法，这与翁同龢渐进式自强的方式不同。
康有为的《新学伪经考》深深的刺激了翁同龢，这种对儒家传统经典的批判是他接受不了的，但他必须得将康有为介绍给光绪，因为只有他推出来变法的人，才能对抗李鸿章、张之洞这样的竞争对手，这也是进行权力争夺的基础。
康有为在获得皇帝授权后才将他的改革真实的想法付诸实施。 但是当康有为揭开他变法维新的面罩时，翁同龢也被震惊了，在他看来，康有为的变法完全抛弃了他们刚开始接触时的思想，是一种儒家异端学说，而且深深伤害了翁同龢的顽固思维体系。
1898年1月，在光绪帝的安排下，康有为与翁同龢、李鸿章、荣禄进行了一次会谈， 改革祖宗之法 是这次会晤中主要的议题。当这样的话题被抛出来后，就连翁同龢都接受不了，李鸿章、荣禄也只是对视一笑，这一笑，就决定了康有为的败局。
翁同龢退出了光绪和康有为的联盟，在朝廷之上，光绪帝连最后的保障都没有了，他凭着一腔热情，和充满幻想的康有为们带着低级官员们，单枪匹马的去迎战慈禧和满朝文武重臣。
结局是注定了的，当光绪帝试图去挑战慈禧的权威，改革祖宗之法时，他已经败了。
正式开始变法之时，恭亲王奕䜣去世了。
奕䜣靠着嫂子慈禧权倾天下，被认为是后党的领军人物， 但终究他还是惦记着爱新觉罗的天下。
他的去世对于光绪而言，也是获得权力空间的机会，光绪帝在悲伤之中开始了变法。
对于慈禧而言，奕䜣的去世是极大的损失，虽然奕䜣在后期并不完全赞同慈禧而受到排挤，但毕竟是与慈禧共同经历过生死的人。他们曾经一起扳倒顾命大臣，夺得天下，管理天下。
奕䜣的一生就是在帮嫂子治理这个国家，从而维护爱新觉罗氏的统治。
变法一开始就遭到反对，而且都是重臣直接向慈禧哭诉。
徐桐："宁可亡国，不可变法。"
刚毅："痛心疾首于新政，必尽罢之而后快。"
荣禄："废帝，使天下共愤，然后一举而擒之。"
……
但光绪帝已然决定开始，不顾一切反对势力。
六月十一日，光绪帝颁旨 《定国是诏》 ，任命翁同龢为戊戌变法总协调人，开始实行戊戌变法。
仅仅四天之后，慈禧太后革去翁同龢所有职务，开缺回籍。理由是 "喜怒见于词色，渐露揽权狂悖情状"。 变法的开始就遭遇到了重创，翁同龢的去职，无疑让光绪帝失去了重要的臂膀。
变法期间，康有为在一次面圣之前遇到荣禄，两人说了几句话，这几句话足以让荣禄惊心不已，也让荣禄坚定的站在反对的立场。
荣禄问道："有补救时局之术否？"
康有为答到："非变法不能救中国！"
荣禄问道："百年之成法，岂能骤变乎？"
康有为："杀几个一品大员，法即变矣！"
慈禧一直没闲着，与光绪帝大张旗鼓的实施变法不同，她有条不紊的开始了人事调整和部署计划：
任命荣禄为直隶总督兼北洋大臣，统率董福祥、聂士诚、袁世凯。
军机大臣刚毅辖管健锐营。
内务府大臣怀塔布管理圆明园官兵。
慈禧颁下旨意，以后二品以上大臣授予新职，必须到皇太后前具折谢恩。
自此，光绪帝手上没有了军权、政权，任凭怎么折腾都翻不出花来了。光绪新政也就限于紫禁城，朝廷中无人敢言，地方上无人实施，或言不懂、或说不清，没有人实施， 就连李鸿章、张之洞、刘坤一等名臣也都观察不动。
光绪帝只能带着几个汉人实施着一切，看看光绪身边的人，康有为、梁启超、谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第等等。你相信这些汉人小官能改革整个朝廷吗？
戊戌变法在经济、文化、军事上都采用了康有为的改革方式，唯独最关键的政治改革只字未提，宪法、国会、君主立宪这些触及根本的事项表明只是康有为的一厢情愿， 最后以戊戌六君子的被杀，康有为逃亡香港，梁启超逃亡日本为最终结束版本。
1898年9月初，光绪下令将怀塔布、许应骙、徐会沣等礼部堂官革职，随后任命谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第以四品衔与军机上行走。
怀塔布是何人？叶赫那拉氏，满洲正蓝旗，叶赫那拉·瑞麟之子。被慈禧授权管理圆明园官兵，是一支重要的维护京城安防的部队。怀塔布与李鸿章是亲家，与荣禄是密友。戊戌政变后，重新被慈禧予以重任，去世时都被赠太子少保。
以怀塔布为代表的那些不满变法的权贵重臣与光绪帝的那几个汉人臣子来比，就知道光绪帝一派显得如此的薄弱。
光绪还是继续战斗，他不再信任身边的高官重臣，但是他做了一个错误的选择，他选择了伊藤博文。 光绪帝请旨开懋勤殿，设立总顾问，人选就是日本前首相伊藤博文。
9.20日，当慈禧听到伊藤博文要与光绪会面，便立即从颐和园赶回紫禁城，在那一帘之后静坐着，光绪帝与伊藤博文说不上任何关键的话，只得互相敷衍了事。
军事保障光绪帝选择了袁世凯，光绪帝直接召袁世凯入京，并升袁世凯为侍郎候补，也许是袁世凯是新军领袖，维新派就自然认为他拥护改革。
京畿附近的军事力量早就被慈禧重新掌握，我们在谈及袁世凯出卖戊戌变法的时候有没有想过你若是袁世凯会怎么做？无非是他被选中了，换成是董福祥或是聂士诚还是某某某。都会这么做。
终于到了兵锋相对的时候了，这场争夺还没开始，就已经结束了。
9.17日，光绪帝召见袁世凯，命令他与荣禄各行其是，当晚谭嗣同夜探袁世凯，几乎是以强硬的命令语气让袁世凯勤王，杀荣禄，囚慈禧。
9.21日，慈禧接到荣禄密报，立即采取措施，命卫队囚禁光绪，随后下诏训政。
百日维新在1898年9月26日划下句号，慈禧囚禁光绪帝，废除了所有的改革政策，正式复出摄政，这一次复出，一直到慈禧死时为结束。