“生产上存在的问题就是我们要研究的课题”，这是王清和对科研工作一贯遵循的宗旨。早在40年代，他就深入生产第一线进行调查研究。1940年在福建工作期间，当发现谷子白发病、小麦黑穗病和锈病是当地谷子、小麦的主要病害时，他就对这些病害的发生规律、抗病育种及其它防治措施开展一系列的研究，为以后控制病害奠定了基础。王清和早期对果树、蔬菜上的主要病害：枣疯病、苹果早期落叶病、果实贮藏病害、梨黑星病、葡萄白腐病和大白菜霜霉病和软腐病的病原、发生规律及其防治等进行了全面系统地研究，从理论与生产实践的结合上作出了卓越的贡献。
王清和早在1943年就开始从事柑桔贮藏病的研究，但大量工作是在50年代以后进行的。为了调查枣疯病、苹果、梨等病害，经常租一辆自行车，甚至雇一头小毛驴往返数十里，艰苦奔波，坚持工作。
枣疯病是一种毁灭性病害，他从60年代开始一直坚持研究了20多年，从中选出了几个较能抗病的品种（材料），并初步搞清了枣疯病类菌原体在树体内的运行规律，为防治枣疯病提出了科学依据。
葡萄白腐病是60年代我国葡萄生产上发生的一种严重病害，王清和为了解决这个生产问题，他带领教研室的中青年教师和农场工人，进行攻关研究。经过5年的研究，搞清了该病的发生发展规律，提出了以测报为基础的化学防治方案，即当预测到大中雨或连阴雨来临之前，抓紧时机喷洒化学药剂，是控制病害流行的关键。同时，经室内筛选和田间药剂对比试验，肯定了防治白腐病最有效的药剂。在此基础上，提出了以加强栽培管理为基础，进行地面喷药铲除和生长期喷药保护相结合的综合防治措施，比较有效地控制了白腐病的危害，为保护葡萄生产作出了贡献。 70年代，棉花枯、黄萎病正在扩大蔓延，严重影响棉花生产。王清和立即奔赴棉区进行考察，并主持山东棉花枯、黄萎病及棉苗根病的研究。他主持的“山东省棉花枯、黄萎病综合防治研究协作组”，经过14年悉心研究，采取边研究、边示范推广的途径，把研究成果应用到棉病的防治中去，取得明显效果。14年中，该协作组育成4个抗病品种，引进抗病品种10个。棉枯萎病重病区基本普及了抗病品种，有力地控制了棉花枯、黄萎病的危害。另外，还进行了病害发生发展规律、病菌生理型鉴定、种子消毒、病点铲除、抗病育种、抗生稳定性、地膜覆盖防病以及轮作换茬等方面的系统研究，并对棉苗根病和铃病进行了防治研究，从理论探讨到实际应用上，均取得了较大进展。14年中，该协作组完成了单项研究35个，获得阶段性成果11个，发表论文38篇，1978年获全国科学大会奖。
王清和强调：农作物病害防治研究必须面向实际。他年近古稀，还经常和中青年科技人员一道深入山东省棉区各乡镇，白天头顶烈日研究和观察作物病情，晚上灯下整理资料，查阅文献，废寝忘食，以苦为乐。1972—1973年在棉枯萎病重病区高密县农村蹲点两年，他和技术员，棉农一起进行试验研究。由于他科研目标明确，方法得当，既蹲点又跑面，从而基本摸清了山东省棉区不同环境条件下棉花枯、黄萎病的症状类型、发生发展规律和传播途径。并搞清了山东省棉花枯、黄萎病菌的生理小种和致病力类型，明确了枯萎病菌属于生理型Ⅱ号。根据对不同陆地棉品种的抗、耐、感致病反应，又划分为4个致病类型，即强致病类型和次强致病类型占60%，这两个类型的病菌主要来自重病区和老病区；中等致病类型及弱致病类型近40%，主要来自新病区或轻病区。同时，他对国内新育成的棉花新品种（品系）进行了苗期抗病性测定，为选育和推广抗病品种提供了依据。对黄萎病菌的“种”及其生理型进行了研究鉴定，肯定了参试的52个菌系均为大丽轮枝菌；根据对鉴别寄主的抗感反应，将供试的单胞菌系划分为3个不同的生理型，并明确了各生理型的地理分布，为品种布局和检疫检验提供了理论依据。为铲除棉花枯、黄萎病零星病点，他从60余种药剂中筛选出几种防效好的药剂，其中改进乳化的“二二乳剂”新剂型，经过10多年试验和大面积示范推广取得了良好效果。该项研究成果1983年获山东省农业厅技术改进三等奖。他还对棉苗根病进行了研究，筛选并研制出棉苗丹药剂，在全省大面积推广应用21万余亩，获得了较显著的经济效益。
为了控制棉花枯、黄萎病传播为害，保护棉花生产，王清和顶住某些舆论压力，多次向有关领导部门反映枯、黄萎病病情，并提出一套行之有效的防病建议。1981年，在昆明召开的全国棉花枯、黄萎病综合防治学术讨论会上，他又与棉病专家一起向中央领导反映情况，提出建议，得到了万里等国务院领导同志的重视。国务院办公厅为此颁发了《关于做好棉花枯、黄萎病检疫、防治工作的通知》的文件。1982年农业部又在山东省泰安市召开了由植病专家、教授和植棉县市植保人员400余人参加的“棉花枯、黄萎病防治技术讨论会”，会议转发了他撰写的有关棉花枯、黄萎检疫与防治措施的论文。这次会议对推动各地棉花枯、黄萎病的防治工作起到了积极作用。 王清和是一位勇于开拓、奋进不息的老科学家，正如一位朋友所说：“他的思想永远不会老化。”晚年，他在继续开展棉病研究的同时，又主持“山东省名产花卉综合研究”新课题。同时，根据山东省农业生产中植物病毒病害日趋严重而病毒病害防治研究工作薄弱的现状，积极倡议山东农业大学建立植物病毒研究室，招收植物病理学研究生，以促进山东省植物病毒研究工作的进展。他的建议，迅速得到校领导的支持，于1979年招收了第一届硕士研究生，1980年秋经省教育厅批准建立了植物病毒研究室，他亲自担任室主任。同时，立题进行了“山东省植物病毒、类菌原体病害类型”的研究，把山东省植物病毒病的研究工作提高到一个新的水平。
植物病毒研究室成立初期，条件十分简陋。但是，他不畏艰难，本着勤俭办一切事业的精神，边研究，边教学，边建设。经过短短几年的奋斗，把一个一无所有的研究室，逐步建成了初具研究植物病毒病基本条件的研究室，并完成了“山东省植物病毒、类菌原体病害类型研究”课题，初步摸清了山东省植物病毒、类菌原体所致病害及其分布状况，编印了《山东省植物病毒、类菌原体病害志》一书（内部出版），并开展了“酶联免疫技术在小麦丛矮病测报上应用技术研究”课题的研究工作。在他的指导下，共招收了7名植物病毒学研究生，他们均以优异成绩获得硕士学位，为培养高级科研人员深入开展植物病毒病的研究工作奠定了基础。
这位老科学家毕生为祖国植物病理学研究和教育事业顽强拼搏，在他进入晚年之后，依然保持不懈的奋斗精神和崇高的事业心。1986年他因病去世，但他的业绩和道德风范却牢牢铭记在后辈的心目中。
