猪流感初次于一九一八年大爆发期间被认定为与人流感有关的疾病，当时猪和人同时发病[15]。十年后于一九叁零年，才第一次确认它是引发猪疫的一种流感病毒[19]。接下来的六十年，猪流感毒株几乎都是H1N1。然后，于一九九七至二零零二年间，叁种不同亚型和五种不同原型的新型毒株冒了出来，成为北美不同猪流感的引因。一九九七至一九九八年，出现了几种H3N2毒株。这些毒株，包括由人类、猪只、及禽鸟的病毒基因重组而演变出来的新型毒株，成为引发北美猪流感的主因。H1N1和H3N2的基因重组产生了H1N2。一九九九年在加拿大，一种H4N6毒株在禽类和猪只之间交叉重组而成，但被控制在一个农场内[16]。
H1N1型猪流感是导致一九一八至一九一九年爆发的西班牙流感的后代之一[17]。一九一八年病毒的后代除了在猪群中不断循环之外，亦在整个二十世纪中在人类间循环，造成常见的季节性流感[18]。不过，直接从猪传人并不常见，从二零零二年起在美国只有十二宗[19]。虽然如此，这些毒株在人类间消失之后，留在猪只体内的流感病毒能使猪只成为它们的储存库，并于将来人类免疫能力减弱时再度感染人类。[20]
猪流感多次被报导为人类间的人畜传染病，通常有限地分布，很少大面积扩散；在猪群中爆发较为常见，且在工业上导致重大的経济损失，主要是阻碍和拖延了上市时间。比如，该疾病造成英国肉业每年大约损失六千五百万英镑 [21]。 流感病毒不断变异，从而得以避开目标群（猪、禽、或人）由于之前接触流感或疫苗反应而可能发展出来的防身抗体。一般说来，每隔两叁年病毒都会发生小变异。但在大约十年里，当世上目标群的整体己在某程度上发展了抗御这些小变化的能力之后，病毒则进一步大演变使到它可以軽而易举地感染世上的目标群体，経常感染不拥有能扺抗它的抗体之数亿人。流感病毒也被确认可以在短得多的时间内产生变异。如1918年西班牙流感第一波爆发时相对地比较轻微，但一年后第二波爆发，致命力却很高。（本段已被5月24日版本删除。） 一九七六年二月五日，在美国FortDix入伍的一位新兵说他感到疲倦和无力。第二天他就死了。稍后他的四位同伴士兵入了院。他死后两个星期，卫生官宣布其死因为一种新型流感毒株。该毒株是禽种H1N1的变异，称为A/NewJersey/1976（H1N1）。它仅从一月十九日至二月九日被查觉，而没有散播出FortDix之外。
这一新毒株看似和一九一八年的流感紧密相关。此外，随着增强监视，又查觉另一毒株A/Victoria/75（H3N2）同时在美国传播，也引起了疾病，而且坚持至当年叁月。警觉的公众卫生官决定需要采取行动对抗另一次大爆发，敦促福特总统要求全美国公民注射疫苗。
注射疫苗计划被拖延及公关问题所阻碍。一九七六年十月一日，免疫注射行动开始。至十月十一日，大约四千万人，或大约24%的人口，接受了猪流感疫苗。同一天，叁位长者在接受流感疫苗注射后不久就去世；一家媒体宣告他们的死亡和疫苗注射有关，虽然没有确定的证据。然而，根据科普作家PatrickDiJusto的说法，当人们得知死亡并没有证实和疫苗有关之后已经太迟了。并说：“政府长期以来害怕大众对流感产生恐慌，现在他们害怕公众对注射猪流感疫苗产生恐慌”。这造成防疫计划被阻碍。与此同时，又有一些关于格林-巴利综合征（Guillain-Barre，GBS）症状的报导。那是一种瘫痪肌肉神经的疾病，影响了一些接受流感免疫注射的人们。这种症状是对现代流感疫苗的一种罕见反应，每百万宗疫苗注射中只有一宗。DiJusto写道：“公众拒绝相信政府实行的一种宰杀长者及残害年轻人健康的计划。”结果，至一九七六年底，总共只有百分之叁十叁的人口接受了疫苗注射。到十二月六日，全民流感防疫计划就基本停顿了下来。
总的来说，出现了五百宗GBS病例。其中死于肺并发症者二十五人。根据P.Haber医生的说法，这可能是因为人体对一九七六年疫苗产生的强烈免疫反应所引起的。其他流感疫苗没有与GBS关连，虽然对于一些人，特别是有GBS病史者，医生们被告诫要谨慎处理。尽管如此，根据一位免疫计划参与者的观察，这种疫苗比流感杀死了更多美国人。 一九八八年九月，一种猪流感病毒在Wisconsin造成一名妇女死亡，并且感染了至少几百人。怀孕八个月的32岁的BarbaraAnnWieners和丈夫Ed造访了Wisconsin州Walworth县的农牧产品展览会的猪圈之后发病，后来感染了肺炎，八天后即逝世。唯一检验出来的病原是一种猪流感的H1N1病毒。医生在她去世前成功地帮她催生产下了一名健康女婴。她丈夫则成功地克服了病征痊愈。
据报导，类似流感病在他们造访的猪圈猪群中扩散；且76%年龄在9至19岁之间的参加生猪展览工作人员被查出有SIV抗体，但这群人没有被诊出严重的病情。另外的研究提议：一至叁位接触过病人的医护人员出现轻微的类似流感病状，并被证实带有感染了猪流感之后所产生的抗体。然而，这次事件在社区没有引起流感爆发。 二零零九年流感爆发的起因是一种之前还没在猪群中发现过的H1N1新型流感毒株。四月下旬，当第一起H1N1病毒在美国发现之后，世卫组织总裁根据该机构的国际卫生新条例宣布了“国际性公众健康威胁的紧急警讯”。随着该流感的爆发，2009年5月2日，在加拿大Alberta一个农场的猪群发现了与墨西哥大爆发有联系的该病毒。那些猪被怀疑由一位刚从墨西哥回来的工作人员身上感染了这种新病毒之后出现了类似流感的症状。情况很可能就是这样，不过还得进一步由实验室化验结果来证实。
按照最初的说法，该新毒株看来是一种由至少四类H1N1之甲型流感病毒组合的毒株，包括一类人群中流行的毒株，一类禽鸟中流行的毒株，及两类猪只中流行的毒株。尔后的分析结果建议，它仅仅是由猪只中的两种毒株的基因重组而成。虽然初期报告认定新毒株为猪流感毒株（即一种起源于猪只的人畜互传毒株），后来发现它的遗传基因的绝大部分来源于1998年美国工业化农场首次出现的由三株基因重组而成的病毒。一些国家采取了预防措施，以减少疾病在全球散播的机会。 据俄罗斯卫星网报道，俄罗斯圣彼得堡市卫生委员会副主席塔季娅娜·扎苏欣娜22日表示，圣彼得堡已有15人因流感后的并发症死亡，其中两人为孕妇。
报道称，此前在20日有消息称，列宁格勒州已有4例“猪流感”死亡病例。
扎苏欣娜说：“我们证实已有15人死亡。他们中几乎所有人都已被证实是因‘猪流感’的并发证死亡，尤其是肺炎。”
据她所说，这些死亡病例都患有一些其他严重的疾病，比如糖尿病、肥胖等。她指出：“其中一例的年龄已超过80岁。死亡病例中还有两名孕妇。”
