北京故宫始建于明朝。
靖难之役以后，永乐元年（1403年），礼部尚书李至刚等奏称，燕京北平是皇帝“龙兴之地”，应当效仿明太祖对凤阳的做法，立为陪都。明成祖于是大力擢升燕京北平府的地位，以北平为北京，改北平府为顺天府，称为“行在”。
永乐四年（1406年），明成祖下诏以南京皇宫（南京故宫）为蓝本，兴建北京皇宫和城垣。
永乐十八年（1420年），北京皇宫和北京城建成。北京皇宫以南京皇宫为蓝本，规模稍大。新修的北京城周长四十五里，呈规则的方形，符合《周礼·考工记》中理想的都城的形制。
明成祖下诏正式迁都，改金陵应天府为南京，改北京顺天府为京师，但在南京仍设六部等中央机构，称南京某部，以南京为留都。
故宫建成后，明清宫廷五百多年的历史，包含了帝后活动，等级制度、权力斗争、宗教祭祀等。永乐十八年（1420年），北京宫殿竣工。次年发生大火，前三殿被焚毁。正统五年（1440年），重建前三殿及乾清宫。天顺三年（1459年），营建西苑。经历永乐、洪熙、宣德、正统四代，整20年。
嘉靖三十六年（1557年），紫禁城大火，前三殿、奉天门、文武楼、午门全部被焚毁。至嘉靖四十年（1561年）才全部重建完工。嘉靖时期，故宫三大殿名称改为皇极殿、中极殿、建极殿。
万历二十五年（1597年），紫禁城大火，焚毁前三殿、后三宫。复建工程直至天启七年（1627年）方完工。
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