一、认为是慈禧太后强令光绪皇帝下令将翁同龢开缺、革职，慈禧太后之所以这么做，有几点原因：第一就是翁同龢支持光绪变法，《慈禧外纪》曾记载：“太后告帝 ⋯⋯言必去翁同龢，不可迟疑 , 谓彼近日煽动排满 , 恐其危及朝廷也。”持这一看法的前提是慈禧太后一开始就是反对维新变法的，因而对极力主张变法的翁同龢十分不满，并且慈禧认为罢免翁同龢可以让光绪帝陷入孤立之境。第二是甲午战后朝廷内激化了帝后党争，这与翁同龢援引康、梁等维新派密切关系。
有学者认为，其实最初慈禧太后对翁同龢态度很亲近，但是翁同龢亲帝的倾向让慈禧对他的态度逐渐改变，直至心存疑忌。翁同龢遭罢官是在戊戌变法开始后，但他“得罪”慈禧却是在此之前，让慈禧最终下定决心的有三件事：第一件是甲午战争期间和战问题。当时慈禧和李鸿章等人均主张避战求和，唯独翁同龢等少数人竭力支持光绪对主战。第二件是翁同龢曾阻扰慈禧和荣禄企图废黜光绪帝，因而双方积怨甚深。第三件事便是慈禧太后准备举办六旬万寿庆典活动，翁同龢却公然上折请求取消这一庆典。
慈禧太后
二、将翁同龢开缺其实是光绪帝的主意，并得到了慈禧太后的同意。金陵江楚编译局编写的《国朝事略》一书对此记载： “二十四年夏，今上严责中外诸臣实行新政，革翁同龢职，逐回原籍 , 擢杨锐、杨深秀、林旭、谭嗣同四品卿衔 , 参与机务。”翁同龢作为帝师，又支持光绪变法，按理来说二人关系应十分亲密，为什么光绪却将他罢官呢？持这一说法的学者不在少数，如萧公权、孔祥吉、杨天石等人。
这一看法的依据在于翁同龢曾做了两件“吃力不讨好”的事情，引发朝廷言官的弹劾，光绪和慈禧因此受到影响。这两件事一为《马关条约》签订后不久，翁同龢便向英、法、俄等国大举接外债；第二件是翁同龢处理胶州事件中的软弱态度，连慈禧太后都觉得“甚屈”。
虽然翁同龢曾向光绪举荐康、梁等人，并支持维新变法，但他的维新理念与康梁等人存有不小的差距，据说光绪帝曾向翁同龢索阅黄遵宪的《日本国志》，翁的回答让光绪很不满意，因而受到“诘难”。光绪帝罢免翁同龢的说法还可从一件事中找到依据，翁同龢被开缺的第二天，光绪便任命康有为为总理衙门章京上行走，其后又颁发一系列地新政措施，从光绪的反应可见一斑。
三、慈禧、光绪罢免翁同龢的说法最为普遍，此外还有一种说法也值得注意，即认为是以刚毅、荣禄等为代表的朝中守旧大臣弹劾的结果，归根到底是翁同龢援引维新派、支持戊戌变法。此外，也与翁同龢在朝廷目中无人，树敌众多有关，《四朝佚闻》一书中说 : “光绪朝局系翁一言，同僚议事，偶有不合，翁辄拂然，常入报帝必伸己意，众已侧目。”不过这一说法有一个大前提，那就是必须得到慈禧和光绪的同意。