保亭黎族苗族自治县的历史可以追溯到民国24年（1935年），当时广东省政府民政厅批准在崖县、陵水、万宁、乐会、定安的部分黎族区域设立新的保亭县，县治设在保城镇，因清朝宝亭营、汛的存在而得名。另一种说法是，清末冯资材（宫保）在此驻军并建造了一座亭子，后人称其为“冯官保亭”，简称为“保亭”，县名由此而来。
1958年，保亭县与陵水、崖县合并为榆林县，随后在1959年，榆林县更名为崖县，同年恢复了保亭县。1987年，国务院批准将保亭县升级为保亭黎族苗族自治县，自此，保亭的行政区划开始进一步明确。
1995年底，保亭黎族苗族自治县管辖12个乡镇，60个行政村，总面积1160.7平方千米，人口总数为15.15万人，其中农垦系统人口5.03万人，非农业人口2.55万人，农业人口12.60万人，城镇人口1.94万人，乡村人口13.21万人，政府驻地在保城镇。1996年和1997年底，人口和行政区划虽有微调，但总体规模保持稳定，仍设有6个国有农场。
直至1998年底，保亭黎族苗族自治县的人口为15.44万人，辖12个乡镇、62个行政村、463个自然村，依旧在原区域内，设有6个国有农场，政府驻地保持在保城镇。1999年底，县区面积和人口数据再次更新，总面积保持不变，人口增至15.56万人，行政村和自然村数量也有所增长，继续保持在保城镇作为政府驻地。
保亭黎族苗族自治县位于海南岛中部五指山南麓，山清水秀，风景秀丽。地处海南省南部内陆，北纬18°23′—18°53′，东经109°21′—109°48′，东接陵水县，南邻三亚市，西连三亚市、乐东县，北依五指山市、琼中县。县境东西宽49公里，南北长54公里，总面积1160.7平方公里，占海南省陆地总面积的3.42%。