海西州司法局设有多个职能科室，各司其职，确保司法行政工作的高效运行。
首先，办公室主要负责制定司法行政工作的发展规划和年度计划，并监督执行。它还负责机关的文秘、会务、统计、后勤保障、通信信息技术网络建设和财务、物资装备及基础建设管理工作。
政工科则聚焦于队伍建设，包括人事和机构编制管理、干部教育培训、警务管理与督察，以及司法系统的执法监督、党风廉政建设和精神文明建设。同时，它还负责机关的党群工作和纪检、监察、审计事务。
法制宣传教育科的主要任务是拟订法制宣传教育规划并实施，组织、协调和督查法制教育工作，参与面向社会的普法教育，指导全州的依法治理工作。
律师公证管理科负责监督律师和公证行业的法律法规执行，指导并监督律师、律师事务所、公证机构和公证员的工作，以及政府和企事业单位法律顾问的管理工作，同时管理州律师协会和国家司法考试的相关事务。
法律援助工作科主要负责法律援助工作的法律法规执行检查，管理法律援助机构和人员，受理和审批法律援助申请，指导司法鉴定工作，并进行司法鉴定人和机构的登记管理。
最后，基层工作科（社区矫正工作科）指导基层司法所、人民调解和法律服务工作，管理刑满释放人员的帮教安置，参与人民陪审员工作，指导全州人民调解委员会，并负责社区矫正工作的指导、监督和制度制定。
海西州司法局于1981年设立， 2001年11月正式更名为海西州司法局。全州现有律师事务所12家（其中：国资所8家，合作所3家，合伙所1家）执业律师46名；公证处8家，注册公证员20名；基层法律服务所5家，基层法律服务工作者15名；司法所52家；各类人民调解组织592个，人民调解员2637名；法律援助机构9家，工作人员20名。 州局机关内设办公室、宣传教育、律师公证管理、法律援助四个职能科室。