中国医科大学口腔医学院的前身是中国医科大学附属第一医院的口腔科，附属一院口腔科始建于1911年的原“满洲医科大学”时期。建国后的口腔科第一任主任为吴继，当时有病床25张，门诊量日均100人次，医护人员19名。20年前，随着改革开放和人民生活水平的不断提高，口腔健康越来越受到关注，时任口腔科主任钟宝民教授等前辈以及中国医科大学的领导抓住时机，积极申报成立附属口腔医院。1986年12月卫生部同意了中国医科大学成立附属口腔医院的申请。
在各级政府的关怀与资助下，由原沈阳市检察院改建为中国医科大学附属口腔医院。1987年5月27日举行了建院庆典。
口腔医院成立后经运转发觉口腔颌面外科病房遇到很多难以克服的困难，1994年经学校、附属第一医院及口腔医院三方领导的多次磋商，确定口腔外科搬迁至附属第一医院。
1997年医院领导班子开始为筹建新大楼运筹帷幄。2000年4月卫生部批准建楼。2002年4月份破土动工，2003年8月落成试运行。建成后口腔医院综合楼使用面积12000平方米。2004年9月在现任领导努力下，分离十年之久的口腔颌面外科和整形外科顺利回归医院。2004年9月17日举行了中国医科大学口腔医学院新楼启用庆典。时任省委书记、省人大主任闻世震给医院题词：“精诚团结年，德重技高，争创一流口腔医院。”
新大楼的落成、口腔颌面外科和整形外科的回归，成为口腔医学院发展的新的里程碑。 医院自建院起就担负着沈阳市、辽宁省乃至东北三省口腔疑难重病的诊治任务以及辽宁省老干部口腔保健工作。2005年经评审医院口腔颌面外科成为全国七个该专业的专科医师培训基地之一。沈阳市医师协会口腔医师分会于2006年12月成立并挂靠该院。
各科室每年开展新技术6—10项。开展的颞颌关节镜手术、等离子手术项目、精密铸造体修复技术、各类固定矫治技术和舌侧矫治技术、根管显微镜和镍钛根管预备系统、全麻下儿童牙病治疗、超声骨刀的应用等使医院的医疗技术水平达到新的台阶。2005年承担了中华慈善总会“微笑列车”项目，至今已为470余名患者进行了免费治疗，为构建和谐社会做出了应有的贡献。近两年中国医科大学附属口腔医院被辽宁省卫生厅连续评为“诚信服务先进单位”。
中国医科大学较早地开展了口腔医学教育工作，培养了大批的口腔专科人才。建国初期培养了八十余名口腔专业学生。1978年开设大学本科五年制口腔专业并正式招生。1985年5月经卫生部批准，成立了口腔医学系。1998年，在中国医科大学党政领导的大力支持下，成立了口腔医学院。经过十多年的发展，中国医科大学口腔医学院现有口腔临床医学博士学位授予权二级学科点和口腔基础医学、口腔临床医学两个二级学科硕士学位授权点，并获得口腔医学硕士专业学位试点单位资格。现有博士研究生指导教师9名、硕士研究生指导教师34名。
